Správa o výsledku kontroly  
2025  
Program cezhraničnej spolupráce  
Interreg V-A  
za programové obdobie 2014 – 2020  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Kontrolovali sme  
Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky  
a 26 prijímateľov nenávratného finančného príspevku z programov Interreg V-A v rámci programového  
obdobia 2014 – 2020.  
Celoslovenská kontrola preverila plnenie systému riadenia a kontroly programu cezhraničnej spolupráce Interreg  
V-A zo strany MIRRI SR, plniaceho úlohy riadiaceho, ako aj národného orgánu, v rámci čoho zabezpečuje  
preplácanie finančných prostriedkov a kontrolu delegovaných právomocí na implementačné subjekty. Predmetom  
kontroly bolo preveriť realizáciu vybranej vzorky 27 projektov v celkovom objeme 60,2 mil. eur, realizovaných u 26  
prijímateľov, ich reálne výsledky a prínosy k regionálnemu rozvoju.  
Ako sme postupovali  
Kontroly boli realizované v súlade so zákonom o NKÚ SR a štandardmi, ktoré vychádzajú zo základných princípov  
kontroly v rámci medzinárodných štandardov najvyšších kontrolných inštitúcií (ISSAI). Do kontrol bolo zapojených  
26 kontrolórov s viacročnou kontrolórskou praxou na NKÚ SR.  
Prečo sme kontrolovali  
Interreg je jedným z kľúčových nástrojov EÚ na podporu cezhraničnej spolupráce prostredníctvom financovania  
projektov. Cieľom je riešiť spoločné výzvy a nájsť spoločné riešenia v oblastiach ako je zdravotníctvo, životné  
prostredie, výskum, vzdelávanie, doprava, udržateľná energia a ďalšie. Programy Interreg sú financované  
z Európskeho fondu regionálneho rozvoja na podporu harmonického rozvoja územia Európskej únie na rôznych  
úrovniach. Na rozdiel od centrálne riadených programov, akými sú niektoré programy EÚ so špecifickými  
nariadeniami, Interreg V-A umožňuje väčšiu flexibilitu a prispôsobenie sa potrebám regiónov, no zároveň to prináša  
väčšiu komplexnosť i rozdiely v spôsobe riadenia jednotlivých programov. V rámci prípravy kontroly boli  
identifikované a vyhodnotené riziká, ktoré sme rámci výkonu kontroly preverili; konkrétne: (i) Systém riadenia  
a realizácie projektov, (ii) Plnenie merateľných ukazovateľov a cieľov projektu, (iii) Prínos pre región v zmysle  
rozvojových aktivít miest a obcí. Riziká týkajúce sa systému riadenia a realizácie projektov sa čiastočne, resp.  
úplne potvrdili. Riziká definované v oblasti plnenia merateľných ukazovateľov a cieľov projektu boli v rámci  
preverovanej vzorky projektov potvrdené v jednom prípade. Riziká v oblasti prínosu programov Interreg V-A  
pre región, v zmysle rozvojových plánov samospráv, neboli potvrdené.  
Čo sme zistili  
Zistenia identifikované kontrolou NKÚ SR v kontrolovaných subjektoch –  
MIRRI SR (riadiaci orgán Interreg V-A SK-AT a SK-CZ, národný orgán pre Interreg V-A HU-SK a PL-SK):  
•
•
•
•
nedodržanie lehoty stanovenej pre proces spracovania žiadosti o platbu v zmysle Interného manuálu procedúr  
(prekročenie o 11 až 16 pracovných dní);  
nesúlad v riadiacej dokumentácii. v spôsobe predkladania následnej monitorovacej správy, uvedenom  
v Príručke pre Prijímateľa a v Internom manuáli procedúr;  
nesúlad monitorovacích údajov k monitorovacej správe, uvedených v zmluve o poskytnutí NFP,  
s informačným systémom ITMS2014+;  
neplnenie povinností zverejňovania dát a dokumentov v informačnom systéme IMTS2014+.  
Prijímatelia (VÚC, mestá, obce, štátny podnik, verejnoprávna inštitúcia, príspevkové inštitúcie. občianske  
združenia, regionálne zoskupenia):  
•
•
porušenie zákona o rozpočtových pravidlách verejnej správy;  
nezverejňovanie Zmlúv o poskytnutí podpory z Európskeho fondu regionálneho rozvoja spolu s dodatkami  
v CRZ;  
•
nedodržiavanie zmluvne stanovených lehôt (prekročenie lehôt o 10 až 210 dní);  
o
nedodržiavanie termínov pri predkladaní žiadosti o platbu spolu s monitorovacími správami  
za každé štvormesačné vykazované obdobie od dátumu začatia projektu v zmysle Zmluvy  
o NFP,  
1
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
o
o
nedodržiavanie termínov pri predložení záverečnej žiadosti o platbu s monitorovacou správou  
po ukončení projektu v zmysle Zmluvy o NFP,  
oneskorené zasielanie žiadostí o platbu na kontrolu Spoločnému sekretariátu ako vedúcemu  
partnerovi projektu, porušenie Príručky pre Prijímateľa,  
•
nezaslanie žiadosti o zavedenie zmien projektu Spoločnému sekretariátu v stanovenej lehote, porušenie  
Príručky pre Prijímateľa.  
Prehĺad využitia programov Interreg V-A v rámci PO 2014 – 2020 prijímateľmi projektov  
podľa jednotlivých cezhraničných regiónov  
6%  
Interreg V-A HU-SK  
23%  
Interreg V-A PL-SK  
45%  
Interreg V-A SK-CZ  
Interreg V-A SK-AT  
26%  
Zdroj: Dotazníkový prieskum NKÚ SR medzi 320 prijímateľmi programov  
Čo odporúčame  
Výboru NR SR pre verejnú správu a regionálny rozvoj odporúčame, aby Ministerstvo investícií, regionálneho  
rozvoja a informatizácie SR, ako riadiaci orgán programov Interreg VI-A, využilo príklady dobrej praxe zistené  
kontrolou, napriek zisteným nedostatkom, ktoré vznikli najmä pochybeniami na strane prijimateľov, avšak nemali  
vplyv na implementáciu projektov, a tým akcelerovalo realizáciu projektov v rámci nového programového obdobia  
2021-2027.  
2
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
VÝKON KONTROLNEJ AKCIE  
Účel kontrolnej akcie  
Účelom kontroly bolo vyhodnotenie procesov systému riadenia, kontroly a možné zvýšenie dopadu realizácie  
projektov s ohľadom na merateľné ukazovatele projektu.  
Rámec kontrolnej akcie  
Kontrola bola vykonaná ako kontrola súladu. K metódam a technikám, ktoré boli uplatnené počas výkonu kontroly,  
patrili najmä štúdium dokladov, metódy analýzy, porovnávania, písomné vyjadrenia, vysvetlenia kontrolovaného  
subjektu, rozhovory so zamestnancami kontrolovaného subjektu a iné. Kontrolovaným obdobím boli roky 2014  
až 2024 a súvisiace obdobia.  
Pre výber vzorky bola použitá neštatistická metóda stratifikovaného výberu, na základe stanovených kritérií  
a úsudku kontrolóra. Stratifikácia bola vykonaná na úrovni všetkých projektov za jednotlivé programy Interreg V-A.  
V rámci výkonu kontroly bol realizovaný NKÚ SR dotazníkový prieskum s cieľom získať názory a skúsenosti od  
prijímateľov nenávratného finančného príspevku zapojených do programov Interreg V-A. Dotazník bol rozoslaný  
všetkým evidovaným realizátorom projektov programov Interreg V-A, čo predstavovalo 338 oslovených  
respondentov. Vzhľadom na niekoľko nedoručiteľných emailov môžeme považovať za úspešne oslovených 320  
respondentov, pričom bolo prijatých celkovo 200 odpovedí, čo predstavovalo návratnosť 62,5%. Výsledky  
dotazníkového prieskumu boli poskytnuté MIRRI SR ako riadiacemu a národnému orgánu programov Interreg V- A.  
Výsledky kontrolnej akcie  
Ministerstvo investícii, regionálneho rozvoja a informatizácie SR  
Riadenie a realizácia projektov  
MIRRI SR bolo uznesením vlády SR č. 355/2020 zo dňa 4. júna 2020 s účinnosťou od 1. 10. 2020 určené ako  
orgán zodpovedný za prípravu a implementáciu pre programy v rámci cieľa Európska územná spolupráca –  
cezhraničná spolupráca.  
MIRRI SR vystupuje ako RO pre programy spolupráce Interreg V-A SK-CZ a Interreg V-A SK-AT v rámci cieľa  
Európska územná spolupráca – cezhraničná spolupráca. MIRRI SR s jeho príslušnými útvarmi taktiež vystupovalo  
v procese implementácie programov spolupráce ako národný orgán pre programy cezhraničnej spolupráce Interreg  
V-A PL-SK a HU-SK. V procese implementácie týchto dvoch programov funkcia SpS nebola vykonávaná orgánmi  
SR.  
Pri všetkých projektoch programov Interreg V-A bol uplatnený princíp vedúceho partnera, ktorý nesie zodpovednosť  
za realizáciu projektu. Každý vedúci partner musel mať minimálne jedného cezhraničného partnera. Pri výbere  
projektov bol kladený dôraz na pozitívny cezhraničný dopad – pridanú hodnotu projektov cezhraničnej spolupráce:  
spoločenský dopad, dopad na cieľové skupiny a finančný dopad.  
Nariadenie o európskej územnej spolupráci definovalo štyri kritériá spolupráce, prostredníctvom ktorých sa  
posudzuje kvalita spolupráce. Projekt mohol byť oprávnený len za predpokladu, že spĺňal minimálne tri kritériá  
spolupráce, pričom platilo, že kritériá „spoločná príprava“ a „spoločná realizácia“ boli povinné.  
Prehľad kritérií spolupráce:  
•
•
•
•
spoločná príprava,  
spoločná realizácia,  
spoločný personál,  
spoločné financovanie.  
Kontrolná skupina NKÚ SR zistila, že MIRRI SR dodržalo povinnosti pri príprave výziev, uplatnilo princíp  
partnerstva a bolo dodržané nariadenie o európskej územnej spolupráci.  
3
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Kontrolná skupina, na základe výsledkov kontroly vybraných projektov konštatuje, že MIRRI SR – ako RO, resp.  
národný orgán, reagovalo na požiadavky alebo problémy počas implementácie kontrolovaných projektov promptne  
a flexibilne. MIRRI SR taktiež poskytovalo podporu pri príprave a pri realizácii projektov formou usmernení,  
konzultácií, a pod.  
Na účel zvyšovania úspešnej realizácie projektov a dosiahnutia stanovených cieľov zorganizovalo MIRRI SR, ako  
RO, počas programového obdobia 2014 – 2020 celkom 28 vzdelávacích aktivít s rôznym zameraním – ako napr.  
zvýšenie odborných znalostí a kapacít lokálnych a regionálnych aktérov, vrátane úradníkov, nevládnych  
organizácií, podnikateľov a ďalších zainteresovaných strán – ako efektívne spravovať a implementovať projekty  
financované z fondov Interreg V-A, čo zahŕňalo plánovanie, monitorovanie, vykazovanie a finančné riadenie  
projektov.  
Nevyhnutnou súčasťou vzdelávania bol ITMS2014+ tréning, kde boli účastníkom poskytnuté komplexné informácie  
a praktické zručnosti potrebné na prácu v ITMS2014+, od registrácie subjektu, cez podanie ŽoNFP až po evidenciu  
projektu, VO a ŽoP.  
Pri programoch Interreg V-A PL-SK a HU-SK bol organizátorom vzdelávacích aktivít spoločný sekretariát  
v Krakove, resp. v Budapešti, MIRRI SR ,ako národný orgán, sa na nich zúčastňoval ako pozvaná inštitúcia.  
Po preverení riadiacej dokumentácie programov Interreg V-A a získaných informácií, v zmysle jednotlivých  
vyžiadaní dokladov a informácií, kontrolná skupina NKÚ SR identifikovala nedodržanie lehoty stanovenej  
pre proces spracovania ŽoP, pričom boli porušené povinnosti RO, vyplývajúce z IMP RO pre Interreg V-A SK-AT.  
Výzvy a čerpanie finančných prostriedkov v rámci PO 2014 – 2020  
Na základe jednotlivých prehľadov plánovaných a vyhlásených termínov výziev programov Interreg V-A možno  
konštatovať, že výzvy boli vyhlasované priebežne počas celého PO, pričom väčšine z nich sa reálny dátum  
vyhlásenia priblížil k plánovanému termínu. Z dôvodu maximalizácie čerpania jednotlivých programov z úspor  
na iných projektoch bolo umožnené žiadateľom o NFP, aby sa prihlásili do vyhlásených výziev aj v roku 2022  
a 2023, čo prispelo k dočerpaniu finančných prostriedkov.  
Program cezhraničnej spolupráce Interreg V-A patrí k vysoko úspešným programom, ktorých miera realizácie  
projektov dosiahla 94,5%. Vo všetkých programoch Interreg bolo riadne ukončených 641 projektov z celkového  
počtu 678.  
Tab. č.1 Prehľad čerpania programov Interreg V-A k 31. 12. 2024  
Čerpanie  
(EÚ zdroj)  
Počet riadne ukončených  
Program  
projektov  
Interreg V-A SK-AT  
Interreg V-A SK-CZ  
Interreg V-A PL-SK  
Interreg V-A SK-HU  
184  
53  
82 147 768 eur  
99 696 589,37 eur  
177 248 148,70 eur  
151 888 080 eur  
154  
250  
Zdroj: spracovanie NKÚ SR  
Finálna úroveň čerpania PO 2014 – 2020 bude známa po uzatvorení PO na základe predloženia záverečných  
účtov, ktoré budú predložené EK v zmysle platných termínov, najneskôr do 15. februára 2026.  
Stav čerpania k 31. 12. 2024 jednotlivých programov Interreg V-A na alokácii 2014 – 2020:  
- Interreg V-A SK-AT – podiel čerpania na úrovni 108,23%,  
- Interreg V-A SK-CZ – podiel čerpania na úrovni 110,62%,  
- Interreg V-A PL-SK – podiel čerpania na úrovni 99,24%,  
- Interreg V-A SK-HU – podiel čerpania na úrovni 97,48%.  
4
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Graf 1 Stav čerpania Interreg k 31. 12. 2024  
Zdroj: MIRRI SR,; spracovanie NKÚ SR  
Monitoring a hodnotenie programov Interreg V-A  
RO programov Interreg V-A SK-CZ a Interreg V-A SK-AT, počiatočným nastavením systému merateľných  
ukazovateľov spôsobil, že si žiadatelia o NFP volili nižší počet MU, ako ich projekty skutočne plnili, prípadne mali  
problém naplniť stanovené hodnoty zvolených MU. RO podporou nižšieho počtu MU postupoval v súlade  
s Návrhom usmernení pre obsah programu spolupráce, verzia 5 zo dňa 8. 5. 2014, podľa ktorého „Pre každý  
špecifický cieľ by sa mal použiť iba jeden (ak je to možné), no nie viac ako dva ukazovatele výsledkov“. Pri tomto  
prístupe však vznikali riziká, že sa prínosy jednotlivých projektov nebudú plne agregovať do celkových výsledkov  
programu, prípadne že stanovené hodnoty MU nebudú dosiahnuté.  
V novom PO 2021 – 2027 došlo k zmene v systéme MU. V súlade s usmerneniami EK (Performance, monitoring  
and evaluation of the European Regional Development Fund, the Cohesion Fund and the Just Transition Fund in  
2021 – 2027) zaviedol RO systém ukazovateľov, výstupov a výsledkov. Pri nastavovaní ich cieľových hodnôt  
vychádzal zo skúseností z PO 2014 – 2020, z analýzy absorpčnej kapacity potenciálnych žiadateľov, nábehovej  
krivky kontrahovania a čerpania alokácie, vývoja inflácie a pod.  
Zavedením povinného výberu výsledkového ukazovateľa v PO 2021 – 2027 sa kladie dôraz aj na to, aký má projekt  
vplyv na územie alebo cieľovú skupinu, resp. reálnu pridanú hodnotu (napr. MU – zvýšenie návštevnosti, zapojenie  
organizácií do cezhraničnej spolupráce po dokončení projektu) a nie iba na formálny odpočet splnenia aktivít.  
Výsledkový ukazovateľ taktiež umožňuje jednoznačnejšie preukázanie prínosu projektu voči stanoveným cieľom  
programu.  
V PO 2021 – 2027 sú vꢀrámci programu Interreg V-A SK-CZ a SK-AT dosiahnuté hodnoty MU monitorované  
na úrovni projektu prostredníctvom systému ITMS21+, aꢀzároveň prostredníctvom doplňujúcej textovej časti MS  
na úrovni projektu, ktorá je predkladaná prostredníctvom systému ITMS21+ sꢀkaždým monitorovaním na úrovni  
projektu. Dosiahnutie hodnôt MU je evidované aj vꢀrámci prílohy č. 9a kꢀIMP RO SK-CZ/ č. 10a k IMP RO SK-AT  
vꢀrámci otázok vꢀpredmetnom KZ.  
5
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Evidencia údajov v ITMS2014+ podľa IMP a pravidiel EÚ  
Európska legislatíva v nariadení č. 1303/2013, konkrétne v čl. 125 uložila RO zriadenie systému  
na zaznamenávanie a uchovávanie údajov v elektronickej podobe o každej operácii, ktorá bola potrebná  
na monitorovanie, hodnotenie, finančné riadenie, overovanie a audit, vrátane potrebných údajov o jednotlivých  
účastníkoch operácií; a uložila RO, aby boli tieto údaje dôsledne zozbierané a uložené do systému. V podmienkach  
SR to bol ITMS2014+, ako centrálny informačný systém, ktorý slúžil na evidenciu a následné spracovávanie, export  
a monitoring dát o programovaní, projektovom a finančnom riadení, kontrole a audite pre programové obdobie  
2014 – 2020.  
Kontrolná skupina NKÚ SR preverila dodržiavanie povinností RO, súvisiacich s evidenciou údajov  
a dokumentácie v ITMS2014+ (zmluvy o poskytnutí NFP vrátane dodatkov, KZ vyhotovované v rámci kontroly  
súhrnných MS a NMS, správy z AFK ŽoP, KZ v rámci kontrol ŽoP), na vybranej vzorke projektov, pričom bolo  
zistené, že KZ vyhotovované v rámci kontroly súhrnných MS a NMS (v prípade, ak to bolo relevantné) neboli  
k uvedeným projektom evidované v ITMS2014+. RO taktiež v rámci kontroly ŽoP neevidoval v ITMS2014+ KZ,  
ktorými mal kontrolór overovať výdavky každého prijímateľa, ktorý sa zúčastňoval na operácii.  
Po preverení dodržiavania povinností RO súvisiacich s evidenciou údajov a dokumentácie v ITMS2014+  
na vybranej vzorke projektov NKÚ SR konštatuje, že údaje o kontrolných listoch neboli do informačného systému  
zaevidované v zmysle príslušných legislatívnych ustanovení.  
Neevidovanie kontrolných listov, vyhotovených v rámci kontroly súhrnných MS a NMS a kontrolných zoznamov  
k ŽoP v systéme ITMS2014+ znižuje úplnosť a dostupnosť auditnej stopy, keďže uchovávanie výlučne  
v papierových projektových spisoch alebo v interných archívoch obmedzuje prístup pre všetky oprávnené kontrolné  
a audítorské orgány, zvyšuje riziko fragmentácie informácií a predlžuje proces ich získavania.  
NKÚ SR považuje zverejňovanie kontrolných listov a kontrolných zoznamov v ITMS2014+ za nevyhnutné nielen  
pre transparentné a efektívne riadenie implementácie cezhraničnej spolupráce, ale aj pre umožnenie kontroly,  
zníženie rizika podvodov, včasné odhalenie nezrovnalostí a posilnenie dôvery verejnosti v systém poskytovania  
príspevkov. Dostupnosť tejto dokumentácie v ITMS2014+ zároveň uľahčuje sledovanie plnenia cieľov a poskytuje  
dôležitý podklad pre analýzy a spätnú väzbu pri nastavovaní budúcich výziev a politík.  
Prijímatelia  
Preverovaná vzorka, medzi 26 prijímateľmi, pokryla VÚC, mestá, obce, štátny podnik, verejnoprávnu inštitúciu,  
príspevkové inštitúcie, občianske združenia, regionálne zoskupenia. Na celkovej vzorke – 27 projektov v hodnote  
60 210 718,96 eur, boli identifikované prevažne zistenia formálneho charakteru, t. j. bez vážnejšieho dopadu  
na realizáciu projektu.  
Na strane Prijímateľov projektov bolo zistené nedodržanie lehôt stanovených zmluvou a systémom riadenia, napr.  
neskoré oznámenie zmeny štatutárov či podanie žiadosti o platbu, zmeny začiatku realizácie projektu, predkladanie  
MS, NMS a ŽoP. V troch prípadoch boli identifikované zistenia závažnejšieho charakteru, konkrétne u prijímateľov  
Vodohospodárska výstavba, š. p., Mestské lesy BA a Nitriansky samosprávny kraj.  
Vodohospodárska výstavba, š. p., projekt „Výstavba mosta pre peších  
a cyklistov Dobrohošť – Dunakiliti“  
Cieľom projektu bolo zvýšenie hustoty hraničných priechodov pozdĺž slovensko-maďarskej hranice  
prostredníctvom výstavby cezhraničnej infraštruktúry pre eko-turistov, spájajúcej úseky cyklotrasy EuroVelo 6  
na Slovensku a v Maďarsku, aj napojenia na sieť TEN-T. Navrhnutá nová cyklistická trasa a most mali zabezpečiť  
bezpečnejšie a kratšie priame spojenie medzi obcami Dobrohošť (SK) a Dunakiliti (HU).  
Vodohospodárska výstavba, š. p., nezrealizovaním výstavby mosta pre peších a cyklistov Dobrohošť – Dunakiliti  
v programovom období 2014 – 2020 nenaplnil cieľ projektu definovaný v žiadosti o nenávratný finančný príspevok,  
ktorým bolo zvýšenie hustoty hraničných priechodov pozdĺž maďarsko-slovenskej hranice. Neúspešná realizácia  
projektu v rámci doby oprávnenosti výdavkov bola spôsobená zdĺhavým procesom verejného obstarávania  
a neplnením zmluvných povinností zo strany zhotoviteľa. Uvedené okolnosti mali za následok nevyužitie  
schválených finančných prostriedkov z fondov EÚ.  
6
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Na základe Usmernenia Komisie č. C/2024/6126 bol stanovený nový termín na ukončenie realizácie projektu  
a to do 15. februára 2027.  
NKÚ SR identifikoval riziko negatívneho finančného dopadu na rozpočet Vodohospodárskej výstavby, š. p.,  
v prípade nedodržania záväzného termínu ukončenia realizácie projektu výstavby mosta pre peších a cyklistov  
Dobrohošť – Dunakiliti, keďže kontrolovaný subjekt bude povinný vrátiť už vynaložené prostriedky do rozpočtu EÚ,  
pričom Vodohospodárska výstavba, š. p., mala možnosť využiť finančné prostriedky z EÚ fondov.  
VV, š. p., mala v pôvodnom termíne – do 31. 12. 2023, možnosť využiť finančné prostriedky z EÚ fondov v sume  
8 864 729,23 eur, pričom pôvodná zazmluvnená výška COV (celková hodnota projektu) bola v sume 10 429 093,22  
eur. Skutočné čerpanie COV projektu predstavovalo sumu 3 272 233,05 eur, z toho EFRR 2 781 397,98 eur.  
Preverením plnenia merateľných ukazovateľov bolo zistené, že pred ukončením oprávneného obdobia upravené  
proporcionálne k skutočne poskytnutému príspevku z EFRR a podľa predpokladaného skutkového stavu realizácie  
projektu k 31. 12. 2023. Prijímateľ sa zaviazal splniť 8 merateľných ukazovateľov, pričom tri z nich mali upravenú  
cieľovú hodnotu na nulu. Šesť merateľných ukazovateľov splnil na 100 % a dva na 75 %. Špecifickým výsledkovým  
ukazovateľom projektu mala byť kratšia vzdialenosť medzi hraničnými prechodmi a skrátenie času cestovania  
zo SR do HU, čo sa prijímateľovi nepodarilo naplniť v rámci doby oprávnenosti výdavkov do konca roku 2023.  
Mestské lesy v Bratislave, projekt „Vývoj ekosystémových nástrojov a služieb  
pre ochranu a obnovu biodiverzity v BA a Viedni“  
Kontrola NKÚ SR zistila viaceré menej závažné nedostatky týkajúce sa najmä dodržiavania lehôt. Prijímateľ  
nepredložil žiadosť o platbu v stanovenom termíne a v súlade s harmonogramom predkladania ŽoP. Monitorovacie  
správy neboli predkladané v súlade s harmonogramom monitorovania a indikatívnym termínom predloženia  
súhrnnej správy. Kontrolná skupina NKÚ SR identifikovala aktivitu, ktorá nebola zrealizovaná v termíne ukončenia  
realizácie projektu, pričom uvedený nedostatok bol odstránený počas kontroly.  
Medzi závažné zistenia NKÚ patrí duplicita pri výkone činností projektového manažéra v oblasti Infocentra Kamzík.  
Mestské lesy BA vyňali z výkonu práce svojho projektového manažéra zodpovednosť za riadenie aktivity  
pracovného balíčka 7. - Infocentrum Kamzík (v sume 29 253 eur), v rozpore so Zmluvou o NFP a Príručkou pre  
žiadateľa, kde je uvedené, že projekt musí byť riadený ako celok projektovým manažérom. Projektové riadenie  
v zmysle zmluvy o NFP malo byť totiž výlučne realizované internými zamestnancami MLB, avšak v tomto prípade  
bolo realizované externou firmou. Uvedeným konaním nedodržali MLB podmienky uvedené v Zmluve o NFP  
(Príloha č. 2, časť administratívna a prevádzková kapacita partnera).  
Nitriansky samosprávny kraj, projekt „Ipolydamásd – Chľaba bridge“  
Napriek dostatočnému finančnému krytiu projektu v Zmluve o NFP si prijímateľ neuplatnil svoj nárok  
na refundovanie finančných prostriedkov v sume 215 313,10 eur, vynaložených za skutočne vykonané práce  
a poskytnuté služby počas obdobia realizácie projektu v zmysle Zmluvy o NFP a jej príloh.  
Nedostatočná projektová príprava a riadenie Nitrianskeho samosprávneho kraja viedli k dodatočnému zaťaženiu  
vlastného rozpočtu výdavkami, ktoré mohli byť zahrnuté a refundované v rámci pôvodne žiadaného NFP.  
Vynaložením takto vzniknutých výdavkov Nitriansky samosprávny kraj nepostupoval v súlade s § 31 ods. 1 písm. j)  
zákona o rozpočtových pravidlách.  
Dotazníkový prieskum NKÚ SR  
S cieľom získať 360-stupňový pohľad na fungovanie programov cezhraničnej spolupráce oslovil NKÚ SR 320  
prijímateľov podpory z programov v rámci dotazníkového prieskumu. Výsledky prieskumu dokumentujú vysoký  
podiel žiadateľov (50 %), ktorí využili služby externých poradcov vo fáze prípravy žiadosti o NFP; oci programy  
Interreg fungujú na Slovensku už 20 rokov a ide o tretie programové obdobie. MIRRI SR má zriadených osem  
regionálnych centier na účely poskytovania bezplatného poradenstva v oblasti čerpania eurofondov, pričom ich  
cieľom je posilnenie podpory v oblasti prípravy kvalitných projektov a ich následnej implementácie; informácie  
o eurofondoch a investičných projektoch po celom Slovensku. Najčastejším dôvodom využívania externej  
7
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
poradenskej činnosti je eliminovanie vysokej administratívnej náročnosti procesov, nedostatočnej komunikácie  
zo strany riadiaceho orgánu, rozdielnosť legislatívy medzi SR a partnerskou krajinou a pod.  
V zmysle realizovaného dotazníkového prieskumu 40  
%
respondentov uviedlo, že muselo  
na financovanie/spolufinancovanie projektu využiť cudzie zdroje. S tým súvisí často sa opakujúca požiadavka  
respondentov na zavedenie predfinancovania zálohovými platbami.  
Respondenti najlepšie hodnotili spoluprácu s partnermi a dostupnosť programovej dokumentácie. Najhoršie bola  
hodnotená celková rýchlosť procesov a s tým súvisiace dodržiavanie lehôt zo strany MIRRI SR. Za rýchlosť  
procesov udelili mierne lepšie hodnotenie žiadatelia využívajúci NFP z programov Interreg V-A PL-SK a HU-SK,  
kde bolo MIRRI SR v pozícii Národného orgánu.  
Zároveň respondenti vyjadrili vysokú celkovú spokojnosť s prínosom programov Interreg V-A pre ich región.  
Až 62 % hodnotilo tento prínos veľmi pozitívne, ďalších 33 % ho hodnotilo skôr pozitívne.  
Viacerí z nich predložili návrhy a konkrétne riešenia, ktoré by prispeli k efektívnejšej implementácii projektov. Týkali  
sa najmä zjednodušenia a zrýchlenia procesov (väčšinou kontrolných), zjednodušenia prílohy k žiadosti o NFP,  
zníženia byrokracie, zlepšenia komunikácie a spolupráce zo strany RO, organizovania väčšieho počtu online  
školení pre žiadateľov, vrátane praktických ukážok, ďalej sprehľadnenie webových stránok a obmedzenie objemu  
požadovanej dokumentácie na minimum. Medzi ďalšie návrhy zlepšenia administratívnych postupov patrili:  
umožniť elektronické podpisovanie všetkých príloh a formulárov v jednotnom systéme, viac prispôsobiť program  
Interreg pre potreby vysokých škôl aj kultúrnych inštitúcií, zosúladiť postupy a príručky všetkých programov  
Interreg, inšpirovať sa procesmi, ktoré sa využívajú pri grantoch z EHP a Nórska, založiť fond na výhodný úver  
(v podobe Štátneho fondu rozvoja bývania), požadovať časť príloh až po schválení ŽoNFP a zaviesť zjednodušené  
vykazovanie výdavkov.  
Podľa známok, ktoré respondenti pridelili jednotlivým oblastiam implementácie programov Interreg V-A,  
bol najhoršie hodnotený program SK-AT. Dôvodom bola najmä zrozumiteľnosť programovej dokumentácie,  
užitočnosť príručiek pre žiadateľov a užitočnosť školení. Druhé najhoršie hodnotenie dostal program Interreg V-A  
HU-SK, a to najmä za celkovú rýchlosť procesov a dodržiavanie lehôt zo strany MIRRI SR. Najlepšie hodnotenie  
dostal program Interreg V-A PL-SK.  
V najväčšej miere chcú využiť príspevok z programov Interreg v programovom období 2021 – 2027 prijímatelia,  
ktorí v PO 2014 – 2020 predkladali svoje projekty z programu Interreg V-A SK-CZ (69 % + ďalších 19 % už podalo  
svoju žiadosť). Z respondentov, ktorí prejavili záujem žiadať o NFP z programov Interreg v PO 2021 – 2027, išlo  
najčastejšie o obce, mestá, príspevkové organizácie, vysoké školy a podnikateľské subjekty.  
Záver  
Výsledky kontroly programov cezhraničnej spolupráce Interreg V-A za programové obdobie 2014 – 2020 poukázali  
na pozitívnu stránku implementácie projektov v rámci týchto programov. Medzi negatívne zistenia, identifikované  
kontrolou projektov, ako aj dotazníkovým prieskumom patria:  
–
vysoká administratívna náročnosť a byrokratické prekážky:  
•
komplikované žiadosti a vykazovanie; žiadosti o financovanie boli často príliš zložité, najmä pre menšie  
obce a neziskové organizácie, ktoré nemali dostatok kapacít na vypracovanie projektov a správu  
dokumentácie;  
•
•
časté zmeny pravidiel; Zmeny v legislatívnych a finančných podmienkach počas realizácie projektov  
spôsobovali oneskorenia a dodatočnú prácu pre žiadateľov;  
dlhé schvaľovacie procesy; od podania žiadosti po schválenie projektu mohlo trvať aj viac ako rok,  
čo odrádzalo mnohých potenciálnych žiadateľov;  
–
finančné a ekonomické výzvy:  
•
spolufinancovanie; žiadatelia museli zabezpečiť vlastný podiel na financovaní, čo bolo pre mnohé obce  
a organizácie problémom a to sa prejavilo v nutnosti zabezpečiť cudzie zdroje pre implementáciu projektu;  
zložitý systém refundácií; vykazovanie a čerpanie finančných prostriedkov bolo často komplikované  
a zdĺhavé, v mnohých prípadoch sa to prejavilo v dodatočnom navýšení finančného zaťaženia prijímateľa.  
•
8
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Na základe preverených skutočností a získaných informácií možno konštatovať, že programy Interreg V-A  
v programovom období 2014 – 2020 naplnili a napĺňajú svoj účel a cieľ, pričom vyčerpali alokované európske  
zdroje. Systém je funkčný a účinný a jeho nedostatky nemajú systémový charakter s negatívnym vplyvom  
na celkové hodnotenie.  
Kontrolou bolo preukázané plnenie zazmluvnených merateľných ukazovateľov a prínos implementovaných  
projektov v jednotlivých regiónoch, čo sa prejavilo najmä v oblasti prihraničnej infraštruktúry a spolupráce,  
zvýšením cestovného ruchu, konkrétne zvýšenie počtu návštevníkov v predmetných oblastiach, rozvoj športových  
aktivít, infraštruktúry a pod.  
V programovom období 2021 – 2027 sú realizované nové programy Interreg, pričom sa opätovne neskoro nabieha  
do nového programového obdobia, s čím úzko súvisí nízke, takmer nulové čerpanie financií. Toto pomalé čerpanie  
sa následne prejaví vytvorením tlaku v posledných rokoch implementácie programu, a tak je predpoklad vzniku  
rizika nevyčerpania finančných prostriedkov a nenaplnenia cieľov programu Interreg.  
Uvedený nepriaznivý stav vypovedá o skutočnosti, že riadiaci orgán nedostatočne odstraňoval problémy  
identifikované v predchádzajúcom období a v prípade pokračovania v zabehnutých postupoch možno očakávať  
podobné problémy aj v celom PO 2021 – 2027. Hoci od začiatku nového programového obdobia uplynuli už viac  
ako štyri roky, programy Interreg aj na konci júla 2025 vykazujú takmer nulové čerpanie NFP.  
V rámci programu VI-A Interreg SK-CZ s celkovou alokáciou 85,32 mil. eur bolo k 31. 7. 2025 vyčerpaných 1,81 mil.  
eur, čo predstavuje čerpanie na úrovni 2,12 % z pridelenej alokácie. Oproti stavu ku koncu predchádzajúceho  
mesiaca sa čerpanie zvýšilo o 0,59 p. b. S cieľom splnenia prvého míľnika voči EK v zmysle pravidla n+3 (vo výške  
5,19 mil. eur) je do konca roka 2025 potrebné na úrovni platobného orgánu vyčerpať výdavky v minimálnej výške  
3,38 mil. eur. Ďalší míľnik, ktorý bude potrebné splniť do 31. 12. 2026, je vo výške 12,25 mil. eur. Kumulatívna  
suma pre splnenie pravidla n+3 do konca roka 2026 predstavuje výšku 15,63 mil. eur. V rámci Programu VI-A  
Interreg SK-AT s celkovou alokáciou 55,50 mil. eur bolo k 31. 7. 2025 vyčerpaných 92,68 tis. eur, čo predstavuje  
čerpanie na úrovni 0,17 % z pridelenej alokácie. Oproti stavu ku koncu predchádzajúceho mesiaca sa čerpanie  
zvýšilo o 0,08 p. b. S cieľom splnenia prvého míľnika voči EK, v zmysle pravidla n+3 (vo výške 3,38 mil. eur), je do  
konca roka 2025 potrebné na úrovni platobného orgánu vyčerpať výdavky v minimálnej výške 3,28 mil. eur. Ďalší  
míľnik, ktorý bude potrebné splniť do 31. 12. 2026, je vo výške 7,97 mil. eur. Kumulatívna suma pre splnenie  
pravidla n+3 do konca roka 2026 predstavuje výšku 11,25 mil. eur.  
Prehľad čerpania programov Interreg VI-A, k 1. 6. 2025, (pozn.: k 31. 7. 2025 ešte neboli zverejnené čerpania  
pre Interreg VI-A PL-SK a HU-SK), zobrazuje nasledujúci graf  
9
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Graf 2: Stav čerpania Interreg k 1. 6. 2025  
Zdroj: MIRRI SR; spracovanie NKÚ SR  
Reakcia kontrolovaného subjektu  
Z kontrolnej akcie bolo vypracovaných 18 protokolov o výsledku kontroly a 9 záznamov o výsledku kontroly.  
Záznamy o výsledku kontroly, kde NKÚ uzavrel kontroly bez kontrolných zistení, boli podpísané v Meste Holíč,  
Obci Cífer, Meste Krásno nad Kysucou, Obci Oščadnica, Slovenskom centre dizajnu, Oravskom múzeu Pavla  
Országha Hviezdoslava v Dolnom Kubíne, Trnavskom samosprávnom kraji, Národnom poľnohospodárskom  
a potravinárskom centre a Združení obcí CykloEko.  
Ostatné kontroly na subjektoch – Vodohospodárska výstavba, š. p., Slovenské národné múzeum, Obec Martovce,  
Mesto Senica, Obec Horná Súča, Obec Horné Srnie, Mesto Bardejov, Mesto Levoča, Univerzita Komenského  
v Bratislave, Mestské lesy v Bratislave, Bratislavský samosprávny kraj, Regionálne združenie Váh-Dunaj-Ipeľ,  
Trenčiansky samosprávny kraj, Nitriansky samosprávny kraj, Prešovský samosprávny kraj, Európske zoskupenie  
územnej spolupráce Pons Danubii, MIRRI SR a Správa Pieniského národného parku, boli ukončené protokolmi.  
Proti pravdivosti, úplnosti a preukázateľnosti kontrolných zistení vzniesol voči identifikovaným zisteniam námietky  
jeden kontrolovaný subjekt – MIRRI SR. Námietky boli vznesené voči trom kontrolným zisteniam. Prvé kontrolné  
zistenie sa týkalo zaznamenávania a uchovávania údajov v elektronickej podobe o každej operácii, ktoré boli  
potrebné na monitorovanie, hodnotenie, finančné riadenie, overovanie a audit kontrolovaných projektov, ako aj  
zabezpečenie, aby boli tieto údaje zozbierané, vložené a uložené do systému ITMS2014+. Druhé kontrolné zistenie  
bolo identifikované v nesúlade spôsobu predkladania NMS zo strany hlavného prijímateľa uvedený v PpP a IMP  
v rámci Interreg V-A SK-AT. Posledná námietka voči zisteniu sa týkala povinnosti národného orgánu zostavovať  
ročný súhrn konečných audítorských správ a výsledkov uskutočnených kontrol, pričom definuje aj jeho obsah  
a časové obdobie, za ktoré sa zostavuje, avšak MIRRI SR tieto súhrny nezostavovalo. Podľa oznámenia o výsledku  
preverenia námietok nebola potvrdená ich opodstatnenosť a neboli zo strany NKÚ SR akceptované.  
Všetky kontrolované subjekty sa zaviazali prijať opatrenia na odstránenie zistených nedostatkov a následne zaslať  
správu o ich splnení, resp. plnení. Plnenie prijatých opatrení bude NKÚ SR v rámci svojej činnosti monitorovať  
a vyhodnocovať ich adekvátnosť.  
10  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Kontakt  
Najvyšší kontrolný úrad SR  
Priemyselná 2  
MIRRI SR  
Pribinova 25  
824 73 Bratislava 26  
+421 250 114 911  
info@nku.gov.sk  
811 09 Bratislava  
+421 220 928 888  
kontakt@mirri.gov.sk  
Trenčiansky samosprávny kraj  
K dolnej stanici 7282/20A  
911 01 Trenčín  
Trnavský samosprávny kraj  
Starohájska ulica 6868/10  
917 01 Trnava  
+421 326 555 111  
info@tsk.sk  
+421 335 559 100  
info@trnava-vuc.sk  
Nitriansky samosprávny kraj  
Rázusova 2A  
Bratislavský samosprávny kraj  
Sabinovská 16  
949 01 Nitra  
820 05 Bratislava 25  
+421 376 922 911  
info@unsk.sk  
+421 248 264 111  
podatelna@region-bsk.sk  
Prešovský samosprávny kraj  
Námestie mieru 2  
080 01 Prešov  
Obec Cífer  
Námestie A. Hlinku 31  
919 43 Cífer  
+421 517 081 111  
predseda@psk.sk  
+421 911 940 637  
sekretariat@cifer.sk  
Mesto Senica  
Štefánikova 1408/56  
905 25 Senica  
Združenie obcí CykloEko  
Ul. Bratislavská 5  
908 51 Holíč  
+421 34 651 5004  
sekretariat@senica.sk  
+421 34 321 0511  
katarina.tureckova@holic.sk  
Mesto Holíč  
Ul. Bratislavská 5  
908 51 Holíč  
+421 34 321 0511  
sekretariat@holic.sk  
Obec Horné Srnie  
Družstevná 430/1  
914 42 Horné Srnie  
+421 32 658 8281  
ocu.sol@slovanet.sk  
Obec Horná Súča  
Horná Súča č. 233  
913 33 Horná Súča  
Slovenské národné múzeum  
Vajanského nábrežie 2  
810 06 Bratislava  
+421 32 65 19 611  
hornasuca@hornasuca.sk  
+421 2 204 69 114  
monika.friedova@snm.sk  
Univerzita Komenského v Bratislave  
Šafárikovo námestie 6  
Mestské lesy v Bratislave  
Cesta mládeže 4  
814 99 Bratislava  
+421 2 9010 9475  
podatelna@rec.uniba.sk  
831 01 Bratislava 37  
+421 918 485 073  
info@mlba.sk  
11  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Slovenské centrum dizajnu  
Jakubovo námestie 12  
814 99 Bratislava  
Národné poľnohospodárske a potravinárske centrum  
Hlohovecká 2  
95141 Lužianky  
+421 2 204 77 318  
sekretariat@scd.sk  
+421 37 65 46 122  
nppc@nppc.sk  
Správa Pieninského národného parku  
SNP 57  
061 01 Spišská Stará Ves  
+421 52 418 1071  
pienap@pienap.sk  
Mesto Levoča  
Námestie Majstra Pavla 4  
05401 Levoča  
+421 53 451 4001  
mesto@levoca.sk  
Mesto Bardejov  
Radničné námestie 16  
08501 Bardejov  
+421 54 4862 122  
primator@bardejov.sk  
Mesto Krásno nad Kysucou  
Ulica 1.mája 1255  
023 02 Krásno nad Kysucou  
+421 41 4385 200  
info@mestokrasno.sk  
Obec Oščadnica  
Nám. M. Bernáta č. 745  
023 01 Oščadnica  
+421 41 707 94 60  
oscadnica@oscadnica.sk  
Oravské múzeum Pavla Országha Hviezdoslava  
v Dolnom Kubíne  
Hviezdoslavovo námestie 7  
026 01 Dolný Kubín  
+421 43 581 61 19  
muzeum@oravskemuzeum.sk  
Regionálne združenie Váh - Dunaj - Ipeľ  
Ďatelinová 315  
Vodohospodárska výstavba, štátny podnik  
Karloveská 2  
94639 Iža  
841 04 Bratislava  
+421 918 466 833  
euroregion.vdi@gmail.com  
+421 906 311 111  
info@vvb.sk  
PONS DANUBII  
Obec Martovce  
Námestie generála Klapku 1  
945 01 Komárno  
+421 905 160 932  
office@ponsdanubii.eu  
Martovce 14  
947 01 Martovce  
+421 35 76 84 110  
info@martovce.sk  
12  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Zoznam použitých skratiek  
AFK  
Administratívna finančná kontrola  
AT  
Rakúsko  
CKO  
COV  
CRZ  
Centrálny koordinačný orgán  
Celkové oprávnené výdavky  
Centrálny register zmlúv  
CZ  
Česká republika  
EFRR  
EHP  
EÚ  
Európsky fond regionálneho rozvoja  
Európsky hospodársky priestor  
Európska únia  
EK  
Európska komisia  
EŠIF  
HU  
Európske štrukturálne a investičné fondy  
Maďarsko  
IMP  
Interný manuál procedúr  
Interreg V-A SK-AT  
Program cezhraničnej spolupráce Interreg V-A  
Slovensko - Rakúsko  
Interreg V-A SK-CZ  
Interreg V-A HU-SK  
Interreg V-A PL-SK  
Program cezhraničnej spolupráce Interreg V-A  
Slovensko - Česko  
Program cezhraničnej spolupráce Interreg V-A  
Maďarsko - Slovensko  
Program cezhraničnej spolupráce Interreg V-A  
Poľsko - Slovensko  
ITMS2014+  
ITMS21+  
KZ  
Informačný monitorovací systém 2014+  
Informačný monitorovací systém 2021+  
Kontrolný zoznam  
MIRRI SR  
Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja  
a informatizácie Slovenskej republiky  
Mestské lesy v Bratislave  
MLB  
MS  
Monitorovacia správa  
MU  
Merateľný ukazovateľ  
MS  
Monitorovacia správa  
Nariadenie o európskej územnej spolupráci  
Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č.  
1299/2013 zo 17. decembra 2013 o osobitných  
ustanoveniach na podporu cieľa Európska územná  
spolupráca  
Nariadenie č. 1303/2013  
Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ)  
č.1303/2013 zo 17. 12. 2013, ktorým sa stanovujú  
spoločné ustanovenia o Európskom fonde  
regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde,  
Kohéznom fonde, Európskom poľnohospodárskom  
fonde pre rozvoj vidieka a Európskom námornom a  
rybárskom fonde  
NFP  
NKÚ SR  
NMS  
PL  
Nenávratný finančný príspevok  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Následná monitorovacia správa  
Poľsko  
PO  
Programové obdobie  
PpP  
PpŽ  
RO  
Príručka pre prijímateľov  
Príručka pre žiadateľa  
Riadiaci orgán  
SK  
Slovenská republika  
SpS  
Spoločný sekretariát  
13  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
SR  
ŠR  
Slovenská republika  
Štátny rozpočet  
VÚC  
Vyšší územný celok  
Všeobecné nariadenie, nariadenie č. 1303/2013 Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č.  
1303/2013 zo 17. decembra 2013 , ktorým sa  
stanovujú spoločné ustanovenia o Európskom  
fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom  
fonde, Kohéznom fonde, Európskom  
poľnohospodárskom fonde pre rozvoj vidieka a  
Európskom námornom a rybárskom fonde a ktorým  
sa stanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom  
fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom  
fonde, Kohéznom fonde a Európskom námornom a  
rybárskom fonde, a ktorým sa zrušuje nariadenie  
Rady (ES) č. 1083/2006  
VV, š. p.  
VZP  
Vodohospodárska výstavba, štátny podnik  
Všeobecné zmluvné podmienky  
zákon o rozpočtových pravidlách verejnej správy zákon č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách  
verejnej správy  
ŽoP  
Žiadosť o platbu  
ŽoNFP  
Žiadosť o poskytnutie nenávratného finančného  
príspevku  
14