Ďalej sa v rámci novely trestného poriadku navrhuje obmedzenie niektorých oprávnení generálneho prokurátora, ktoré mu patria podľa § 363 Trestného poriadku a ktoré mu dávajú neprimeranú moc nad prípravným konaním. Predložený návrh § 363 neruší, ale nastavuje jeho pravidlá tak, aby čo najviac zodpovedali tomu, na aký účel bol § 363 do zákona zakotvený, teda odstraňovanie nezákonnosti v prípravnom konaní.
Ustanovenie § 363 dáva v súčasnosti generálnemu prokurátori oprávnenie zrušiť právoplatné rozhodnutie prokurátora alebo policajta, ak takým rozhodnutím alebo v konaní, ktoré mu predchádzalo, bol porušený zákon. Proti takémuto rozhodnutiu generálneho prokurátora nie je prípustný opravný prostriedok. V minulosti rezonovali kauzy, v ktorých generálny prokurátor využíval oprávnenia z § 363 príliš extenzívne, čím nahrádzal rozhodovaciu právomoc súdov. Išlo najmä o prípady, kedy rozhodnutia o vznesení obvinenia boli zrušené tesne pred podaním obžaloby a súdnym konaním, čím bola zmarená možnosť, aby o vine alebo nevine rozhodol súd. Z generálneho prokurátora sa stala popri súdnej moci akási ďalšia moc v štáte. Nadmerné využívanie tohto prostriedku generálnym prokurátorom znižuje v očiach verejnosti dôveryhodnosť generálnej prokuratúry ako celku a takýto stav by nemal ďalej pokračovať, pretože znemožňuje budovanie dôvery v spravodlivosť, právny štát a fungujúce inštitúcie.
Predložený návrh zákona obsahuje ohľadom novely trestného poriadku nasledujúce hlavné zmeny:
•upravuje sa príslušnosť Špecializovaného trestného súdu rozhodovať o trestných činoch prokurátorov spáchaných pri výkone ich funkcie,
•zužuje sa právomoc generálneho prokurátora podľa § 363 Trestného poriadku zrušiť len právoplatné rozhodnutie prokurátora alebo policajta o postúpení veci, o zastavení trestného stíhania, o podmienečnom zastavení trestného stíhania, o podmienečnom zastavení trestného stíhania spolupracujúceho obvineného a o prerušení trestného stíhania, ak takým rozhodnutím alebo v konaní, ktoré mu predchádzalo bol porušený zákon,
•skracuje sa lehota na podanie návrhu na postup podľa § 363 na 10 pracovných dní od právoplatnosti napadnutého rozhodnutia,
•návrhové oprávnenie sa ponecháva len poškodenému a bude ho možné podať len v neprospech obvineného.
V rámci novely trestného poriadku sa taktiež stanovuje možnosť rozhodnúť o odklade alebo prerušení výkonu rozhodnutia, proti ktorému podal minister spravodlivosti alebo generálny prokurátor dovolanie, len súdu - v súčasnosti má toto oprávnenie aj minister spravodlivosti a generálny prokurátor. Len súd je totiž nezávislý a nestranný. Výkon daného oprávnenia zo strany ministra spravodlivosti či generálneho prokurátora podľa aktuálnej právnej úpravy vníma citlivo aj verejnosť. Za účelom zabezpečenia nezávislého a nestranného rozhodovania aj v tejto veci sa preto navrhuje dané oprávnenie zveriť výlučne súdu.
V rámci novely zákona o prokuratúre (čl. II) sa navrhuje znovu zaviesť Úrad špeciálnej prokuratúry, ktorý umožní dôslednú špecializáciu prokurátorov pre boj s korupciou a organizovaným zločinom. Zabezpečí sa tým dôsledné rešpektovanie medzinárodných dohovorov o boji proti korupcii, ku ktorým pristúpila aj Slovenská republika, a v ktorých sa Slovenská republika zaviazala k špecializovaným útvarom, a súčasne sa tým vytvoria podmienky pre odborný prístup vyššej úrovne, ktorý je nevyhnutný pre úspešný boj nielen proti korupcii, ale aj organizovanému zločinu.