Pri zlúčení bude jedna alebo viaceré zanikajúce školy alebo školské zariadenia a ostane jedna už existujúca (zjednodušene pôjde o „pohltenie“, t.j. jedno IČO zostane zachované). Pri splynutí najmenej dve školy alebo školské zariadenia zaniknú a vznikne nový subjekt (viaceré IČO sa zrušia, jedno nové IČO sa vytvorí).
Zlúčenie aj splynutie bude možné nielen u jedného zriaďovateľa, ale aj naprieč zriaďovateľmi s obmedzeniami vyplývajúcimi z rôznej právnej formy. Tento mechanizmus nebude možný pri kombinácii nezisková organizácia na jednej strane a rozpočtová organizácia alebo príspevková organizácia na druhej strane. Dôvody sú v zásade ekonomické, okrem iného otázka majetku, keďže nezisková organizácia môže byť vlastníkom majetku, ale rozpočtová organizácia, resp. príspevková organizácia je v kontexte zákona č. 523/2004 Z. z. len správcom majetku (buď je vlastníkom obec/samosprávny kraj, alebo Slovenská republika). Pri viacerých zriaďovateľoch sa bude uzatvárať písomná zmluva, pri jednom zriaďovateľovi o nepomenovaný doklad (zámerne nie je použité slovo „rozhodnutie“, keďže pôjde o autoritatívny jednostranný akt, ktorý nemá mať výrok, odôvodnenie a poučenie).
Podstatným obmedzením však bude migrácia len v rámci jedného kraja, čo súvisí jednak s pôsobnosťou regionálnych úradov (nie je prípustné, aby z hľadiska štátnej správy bola jedna organizačná zložka v pôsobnosti jedného regionálneho úradu a druhá organizačná zložka v pôsobnosti iného regionálneho úradu), ako aj s plánom výkonov, ktorý sa viaže na kraje.
Zlúčenie a splynutie v určitej podobe existujú v zákone č. 596/2003 Z. z. aj v súčasnosti, avšak zlúčenie len ako jednorazový inštitút v prechodnom ustanovení, pričom sa navrhuje jeho komplexná úprava ako systémového inštitútu naprieč druhmi a typmi. Zákon č. 596/2003 Z. z. upravuje aj rozdelenie, avšak len v rámcovo jednom ustanovení, a teda aj v jeho prípade sa navrhuje komplexné vymedzenie.
K § 37
Navrhuje sa úprava rozhodovania obdobne, ako je v súčasnosti v § 5 zákona č. 596/2003 Z. z. avšak ako už bolo uvedené vyššie, posúva sa z konania riaditeľa ako správneho orgánu fyzickej osoby na školu, resp. školské zariadenie ako správny orgán právnickú osobu, za ktorú koná riaditeľ ako štatutárny orgán. Tento posun má následne väzbu aj na zákon č. 211/2000 Z. z., kde povinným subjektom bude škola alebo školské zariadenie, resp. na pojem orgán verejnej moci a podpisovanie rozhodnutí podľa zákona o e-Governmente.
Zároveň sa spresňuje pri školských zariadeniach, kde ide o rozhodovanie a kde nie, keďže v súčasnosti zákon č. 596/2003 Z. z. používa slovo „rozhodovať“ pri školskom zariadení, resp. riaditeľovi vo všeobecnosti aj pri úkonoch, kde z povahy veci nie je dôvod vydávať rozhodnutie (napríklad školská jedáleň alebo školský internát). Tým sa znižuje administratívna náročnosť.
Okrem toho sa pri školských zariadeniach spresňuje pôsobnosť podľa druhov v kontexte školského zákona, keďže v súčasnosti ide o jeden odsek v § 5 spoločne pre všetky školské zariadenia, hoci jednotlivé druhy školských zariadení vykonávajú v tomto kontexte rôzne úkony.
Napokon sa navrhuje jednoznačná úprava vo vzťahu k spojeným školám a spojeným školským zariadeniam tak, aby bolo zrejmé, že za jednotlivé organizačné zložky koná navonok samotná právnická osoba (reprezentovaná riaditeľom ako štatutárnym orgánom).