Z aplikačnej prax vzišli viaceré problémy, ktoré návrh legislatívne upravuje a rieši. Sú to:
-úprava nových služieb elektronizácie v zdravotníctve (elektronizácia laboratórnych vyšetrení, elektronické objednávanie pacientov prostredníctvom jednotného centrálneho systému, elektronické uzatváranie dohôd o poskytovaní všeobecnej zdravotnej starostlivosti a špecializovanej gynekologickej starostlivosti)
-úprava poskytovania údajov Národným centrom zdravotníckych informácií (ďalej len „národné centrum“) (komplexná úprava poskytovania údajov z údajovej základne národného zdravotníckeho informačného systému, ktoré nie sú osobnými údajmi alebo dôvernými štatistickými údajmi a upravuje sa spracúvanie a poskytovanie osobných údajov),
-rozšírenie údajovej základne zdravotníckeho informačného systému (o údaje Národného farmaceutického registra),
-zefektívnenie a zosúladenie procesov pri uzatváraní niektorých dohôd o poskytovaní zdravotnej starostlivosti,
-vytvorenie Národného registra očkovania a národného registra duševných ochorení,
-zmena prevádzkovateľa Národného registra prenosných ochorení na Úrad verejného zdravotníctva Slovenskej republiky,
-ruší sa národný register úrazov vyžadujúcich poskytovanie ústavnej starostlivosti,
-zavedenie nových prístupov zdravotníckych pracovníkov regionálnych úradov verejného zdravotníctva a Úradu verejného zdravotníctva (prístup k určeným elektronickým zdravotným záznamom z elektronickej zdravotnej knižky, pri podozrení na chorobu z povolania alebo v súvislosti z ohrozením touto chorobou)
-precizovanie procesov súvisiacich s výmenou informácií v rámci informačných systémov (výmena údajov v elektronickej forme na účely prideľovania rodných čísiel pri špecifických prípadoch narodenia dieťaťa).