Územia sústavy Natura 2000 možno využívať len spôsobom, ktorým sa zabezpečí dosiahnutie cieľov ich ochrany zameraných na zachovanie alebo obnovu priaznivého stavu biotopov a populácií druhov, na ochranu ktorých sa vyhlásili za chránené územia.
Na výrub stromov alebo odstraňovanie ich zlomov alebo vývratov alebo odumretých stromov na lesných pozemkoch (ďalej len „ťažba dreva“) alebo vykonanie opatrení na ochranu lesa64ca) na území sústavy Natura 2000 sa vyžaduje súhlas orgánu ochranu prírody; to neplatí, ak
a) ide o činnosti vykonávané v rozsahu podľa programu starostlivosti o lesy alebo projektu starostlivosti o lesný pozemok a v súlade so stanovenými regulatívmi ochrany prírody64cb) okrem činností podľa § 104j ods. 3,
b) ide o činnosti vykonávané podľa rozhodnutia o vyňatí lesných pozemkov z plnenia funkcií lesov alebo rozhodnutia o obmedzení využívania funkcií lesov na lesných pozemkoch,37c)
c) ide o činnosti, na ktorých vykonanie sa podľa tohto zákona vyžaduje iný súhlas orgánu ochrany prírody alebo povolenie výnimky orgánom ochrany prírody, alebo
d) ustanovuje § 29, § 61d ods. 7 alebo § 104j ods. 4 inak.
Napríklad § 8 zákona č. 50/1976 Zb. v znení neskorších predpisov, § 10, 12 a 13 zákona č. 330/1991 Zb. v znení neskorších predpisov, § 12 a 57 zákona č. 364/2004 Z. z. v znení neskorších predpisov, § 37 a 40 zákona č. 326/2005 Z. z. v znení neskorších predpisov, § 8 a 10 zákona č. 7/2010 Z. z. o ochrane pred povodňami v znení neskorších predpisov.
64b) § 3 písm. d) zákona č. 24/2006 Z. z. v znení neskorších predpisov.
64c) § 3 písm. f) zákona č. 24/2006 Z. z. v znení neskorších predpisov.
64ca) § 28 a 28a zákona č. 326/2005 Z. z. v znení neskorších predpisov.
64cb) § 37a ods. 1 zákona č. 326/2005 Z. z. v znení neskorších predpisov.
Dokumenty starostlivosti o osobitne chránené časti prírody a krajiny sa vyhotovujú najmä na účely uvedené v odseku 1 písm. b) až d) a tvoria ich
a) programy starostlivosti o chránené územia a programy záchrany chránených území,
b) zásady starostlivosti o biotopy v chránených územiach európskeho významu,
c) programy starostlivosti o územia medzinárodného významu,
d) programy starostlivosti o chránené druhy a vybrané druhy rastlín a živočíchov a programy záchrany chránených druhov rastlín a živočíchov,