Nezrovnalosti programového obdobia 2014 – 2020  
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
OBSAH  
| 2  
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
ZOZNAM SKRATIEK A SKRÁTENÝCH POMENOVANÍ  
SKRATKA  
VÝZNAM  
AK  
Administratívne kapacity  
Európske štrukturálne a investičné fondy  
Európska únia  
EŠIF  
EÚ  
MDV SR  
MH SR  
MIRRI SR  
Ministerstvo dopravy a výstavby Slovenskej republiky  
Ministerstvo hospodárstva Slovenskej republiky  
Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie Slovenskej republiky  
Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu Slovenskej republiky  
Ministerstvo vnútra Slovenskej republiky  
Ministerstvo životného prostredia Slovenskej republiky  
Národná kriminálna agentúra  
MŠVVaŠ SR  
MV SR  
MŽP SR  
NAKA  
NKÚ SR  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Orgány činné v trestnom konaní  
OČTK  
OP  
Operačný program  
OP D  
Operačný program Doprava  
OP II  
Operačný program Integrovaná Infraštruktúra  
Operačný program Kvalita životného prostredia  
Operačný program Životné prostredie  
Operačný program Výskum a vývoj  
Policajný zbor  
OP KŽP  
OP ŽP  
OP VaV  
PZ  
RO  
Riadiaci orgán  
SAŽP  
Slovenská agentúra životného prostredia  
Slovenská inovačná a energetická agentúra  
Sprostredkovateľský orgán  
SIEA  
SO  
ŠR  
Štátny rozpočet  
ÚVA  
Úrad vládneho auditu  
ÚVO  
Úrad pre verejné obstarávanie  
VA  
Výskumná agentúra  
VZ  
Vlastné zdroje  
Zákon č. 292/2014 Z. z.  
Zákon č. 292/2014 Z. z. o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných  
fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov  
ŽoV  
Žiadosť o vrátenie finančných prostriedkov  
| 3  
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
VÝZNAMNÉ ZISTENIA A ODPORÚČANIA  
Problémom Slovenska pri využívaní eurofondových zdrojov nie je len nízka miera ich čerpania, ale aj veľké množstvo  
nezrovnalostí, ktoré nie je možné vymôcť od prijímateľov a štát ich musí zaplatiť zo svojho rozpočtu. NKÚ SR v rámci  
kontrolnej akcie preveril evidenciu a následné monitorovanie nezrovnalostí za programové obdobie  
2014 2020 na Ministerstve dopravy a výstavby a Ministerstve životného prostredia, ktoré sú riadiacimi orgánmi  
pri Operačnom programe integrovaná infraštruktúra (OP II) a Operačnom programe Kvalita životného prostredia  
(OP KŽP).  
Uvedené Operačné programy majú v rámci programového obdobia 2014 až 2020 najvyššiu schválenú alokáciu finančných  
prostriedkov z EŠIF za EÚ zdroj (OP II – 6 009 937 611 EUR, OP KŽP – 2 832 531 290 EUR). Zároveň v čase prípravy  
kontrolnej akcie (k máju 2021) tieto operačné programy disponovali najväčším objemom (zdroj EÚ, ŠR a VZ)  
zaevidovaných nezrovnalostí (OP II 1 589 156 686 EUR a OP KŽP 365 382 615 EUR).  
Nezrovnalosť vzniká, keď žiadateľ o eurofondy pri ich čerpaní poruší našu alebo európsku legislatívu. Vo väčšine prípadov  
to má finančný vplyv na štátny rozpočet, keďže nevysporiadané nezrovnalosti uhrádza štát. Z predchádzajúceho  
programového obdobia štát eviduje a rieši nezrovnalosti vo výške 100,7 milióna eur a v aktuálnom programovom období  
už Európskej komisii musel uhradiť nezrovnalosti vo výške takmer dva milióny eur. Ak ich nevymôže späť od prijímateľov,  
definitívne budú uhradené zo štátneho rozpočtu.  
Správna evidencia a monitoring nezrovnalostí je kľúčom k efektívnemu manažmentu vzniknutých nezrovnalostí.  
Hlavným nástrojom monitoringu a evidencie je exitujúci IT systém monitorovania fondov, ktorý zastrešuje kompletnú  
administratívu k čerpaniu európskych štrukturálnych fondov na Slovensku, tzv. ITMS2014+. Pri evidencii a monitorovaní  
nezrovnalostí, na spomínaných ministerstvách, kontrolóri na vybranej vzorke zistili, že v každom treťom náhodne  
vybranom prípade boli prekročené stanovené lehoty a zadávané neúplné, nesprávne alebo neaktuálne údaje  
o nezrovnalostiach do spomenutého informačného systému.  
Kontrola zaznamenala aj nedostatočné monitorovanie vývoja nezrovnalostí ako aj nekonzistentnosť postupov. Podľa  
zistení NKÚ SR uplatňovalo Ministerstvo dopravy a výstavby SR a jemu podriadené sprostredkovateľské orgány v rámci  
OP II nejednotné postupy pri kontrole presnosti, správnosti a úplnosti evidovania údajov o nezrovnalostiach. Ministerstvo  
životného prostredia a jeho podriadený sprostredkovateľský orgán mali v rámci OP KŽP tieto kontrolné postupy jednotné.  
V oblasti riešenia a vysporiadania nezrovnalostí kontrola zistila problém s dostupnosťou informácií o konaní tretích  
strán. Riadiace orgány ich napríklad od orgánov činných v trestnom konaní dostávajú neskoro a veľmi často sú neúplné,  
takže neumožňujú ucelený prehľad o priebehu a záveroch vyšetrovania. Aj keď vybrané riadiace orgány mali postupy  
pre sledovanie konaní tretích strán (orgánov činných v trestnom konaní, Protimonopolného úradu, Úradu pre verejné  
obstarávanie, Úradu vládneho auditu) zladené s platnou legislatívou, na základe neúplnosti dát boli obmedzené  
pri vysporiadavaní jednotlivých nezrovnalostí.  
Užšia špecializácia na nezrovnalosti umožňuje profesionálnejší manažment, úsporu času a aj minimalizáciu chybovosti.  
NKÚ SR hodnotí ako dobrú prax, že subjekty využívajú pri riešení agendy nezrovnalostí aj samostatné pozície manažérov  
pre nezrovnalosti, ktorí zabezpečujú ich komplexné spravovanie .  
Kontrolované subjekty až na základe zistení NKÚ prijali opatrenia formou metodického usmernenia  
a bezodkladne začali správne konania. Pri zabezpečení ochrany majetku štátu NKÚ SR overoval zavedený postup  
vymáhania nezrovnalostí v prípadoch, keď dlžník neuhradí pohľadávku. Podľa výsledkov kontroly, subjekty vôbec  
nezačali správne konanie podľa Správneho poriadku pri pätnástich nezrovnalostiach v celkovej výške 1,8 milióna  
eur, ktoré sa týkali porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania. Na MDV SR bolo päť takýchto nezrovnalostí  
za 268-tisíc eur a na MŽP SR desať nezrovnalostí za 1,5 milióna eur. Ministerstvá tak nezabezpečili bezodkladné prijatie  
nápravných opatrení, čím zvýšili riziko premlčania pohľadávky a porušili tak zákon. V ďalších troch prípadoch,  
nezrovnalosti v sume 692 948,82 eur, síce podnet na začatie správneho konania dali, ale bol podaný po zákonnej lehote.  
Za závažné zistenie považuje NKÚ SR, že Slovenská agentúra životného prostredia (SAŽP), ako  
sprostredkovateľský orgán, zanedbala svoje povinnosti pri správnych konaniach podľa zákona o EŠIF.  
Do septembra 2021 nebol na SAŽP určený odvolací orgán a agentúra ho ustanovila až ku koncu programového obdobia  
v septembri 2021. Dovtedy sa v rámci správneho konania prakticky nebolo možné odvolať.  
NKÚ SR v priebehu kontroly identifikoval systémové riziká, ktoré by mohli mať vplyv na vznik nezrovnalostí a to naprieč  
rezortami. Počas kontroly bol vykonaný dotazníkový prieskum, z ktorého vyplynulo vážne riziko rozporov medzi  
stanoviskom Úradu vládneho auditu a rozhodnutím Úradu pre verejne obstarávanie v rovnakej veci týkajúcej sa  
porušenia zákona o verejnom obstarávaní. Kontrola zaznamenala opakované prípady, keď ÚVA vo svojej správe  
| 4  
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
potvrdí nezrovnalosť, ale ÚVO následne vydá v tomto prípade rozhodnutie, že nebol porušený zákon. Rozpor medzi dvomi  
štátnymi orgánmi spôsobuje, že takáto nezrovnalosť je od prijímateľa nevymožiteľná. Keďže rozhodnutie ÚVO  
už neovplyvní skôr vydanú správu ÚVA a vzniknutú nezrovnalosť znáša štátny poskytovateľ finančných prostriedkov –  
riadiaci alebo sprostredkovateľský orgán, na vrub svojej rozpočtovej kapitoly. Ak by ÚVA bol povinný spätne zosúladiť  
svoje závery s protichodným rozhodnutím ÚVO v rovnakej veci, ubudlo by nezrovnalostí a znížilo by sa tak zaťaženie  
štátneho rozpočtu.  
NKÚ SR preto odporúča Výboru NR SR pre európske záležitosti  
zabezpečiť prijatie legislatívnej zmeny, ktorá zabráni protichodným rozhodnutiam ÚVA a ÚVO  
v prípadoch nezrovnalostí v rovnakej veci  
Za najefektívnejší nástroj predchádzania vzniku nevymožiteľných výdavkov považuje NKÚ SR započítanie pohľadávky  
z príspevku voči pohľadávke prijímateľa na poskytnutie nového príspevku alebo jeho časti. Ide však o málo využívaný  
nástroj, keďže zákon umožňuje prijímateľovi odmietnuť ho, a zároveň ho nemožno aplikovať pri štátnych rozpočtových  
organizáciách.  
NKÚ SR preto odporúča Výboru Národnej rady Slovenskej republiky pre európske záležitosti zmenu zákona  
o príspevku poskytovanom z EŠIF tak, aby:  
pri vysporiadaní nezrovnalostí neumožňoval odmietnuť započítanie pohľadávok,  
bolo možné pri vysporiadaní nezrovnalostí započítavať aj pohľadávky štátnych rozpočtových organizácií.  
| 5  
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
KONTROLNÁ AKCIA  
1
ÚČEL KONTROLNEJ AKCIE  
Kontrola bola vykonaná na základe plánu kontrolnej činnosti NKÚ SR na rok 2021 v strategickej oblasti Efektívna  
a transparentná verejná správa – Európske štrukturálne a investičné fondy.  
Účelom kontrolnej akcie bolo preveriť systém riadenia a spätného získavania nezrovnalostí s finančným dopadom  
a identifikovať kľúčové problémy, ktorých náprava by mohla umožniť zvýšiť úspešnosť pri ich vymáhaní.  
Predmetom kontroly bolo  
1.) preveriť evidenciu a monitorovanie nezrovnalostí,  
2.) postupy riešenia a vysporiadania nezrovnalostí vrátane administratívnych kapacít,  
3.) postupy zabezpečenia ochrany majetku štátu.  
2
MEC KONTROLNEJ AKCIE  
Kontrolóri postupovali v súlade so zákonom o NKÚ SR a so štandardmi, ktoré vychádzajú z medzinárodných štandardov  
najvyšších kontrolných inštitúcií (ISSAI).  
Pri výkone kontroly bol uplatňovaný systémový prístup v kombinácii s detailným testovaním vecnej správnosti na vybranej  
vzorke operácií. Výber vzorky bol vykonaný zo zoznamu nezrovnalostí zaevidovaných do informačného systému  
ITMS2014+, od začiatku programového obdobia 2014 až 2020 do 2. 9. 2021. Pre výber vzorky bola použitá neštatistická  
metóda stratifikovaného výberu na základe stanovených kritérií a úsudku kontrolóra. Kontrolovaným obdobím bolo  
obdobie rokov 2014 2021.  
V rámci vzorky, preverenej na MDV SR, bolo vybraných 20 nezrovnalostí, čo predstavovalo 3,52 % z celkového počtu 568  
nezrovnalostí podľa stavu k 2. 9. 2021. Overená suma predstavuje celkom 515 539 723,11 eur, čo je 25,10 % z celkovej  
sumy nezrovnalostí 2 054 297 217,70 eur.  
V rámci vzorky bolo na MŽP SR preverených 20 nezrovnalostí, čo predstavovalo 2,92 % z celkového počtu 685  
nezrovnalostí, podľa stavu k 2. 9. 2021. Preverená vzorka, v celkovom objeme financií 81 739 929,13 eur, predstavuje  
18,63% z celkovej sumy nezrovnalostí 438 745 088, 25 eur.  
Pri hodnotení kontrolných dôkazov boli využité metódy rozhovoru, preverovania dokladov, ako aj písomné a ústne  
vysvetlenia zodpovedných/kompetentných osôb. Zároveň bol pre získanie bližších informácií využitý dotazník, uvedený  
v prílohe č. 2, ktorý bol predložený aj ďalším RO a SO v rámci EŠIF mimo vybrané kontrolované subjekty. Dotazník  
obsahoval kombináciu uzavretých otázok, s priestorom na vyslovenie svojho názoru, resp. skúsenosti. Celkovo bolo  
dotazníkom oslovených 18 subjektov, so 100-percentnou návratnosťou odpovedí.  
3
VÝKON KONTROLNEJ AKCIE  
Kontrola bola vykonaná na ministerstve dopravy ako na riadiacom orgáne OP Integrovaná infraštruktúra, od 21. 9. 2021  
do 28. 2. 2022, a na ministerstve životného prostredia ako riadiacom orgáne OP Kvalita životného prostredia, od 22. 9.  
2021 do 28. 2. 2022. Kontrola vzhľadom na určenú vzorku nezrovnalostí prebehla aj na vybraných sprostredkovateľských  
orgánoch OP II – Ministerstve hospodárstva SR, Ministerstve investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR,  
Ministerstve školstva, vedy, výskumu a športu SR, a sprostredkovateľskom orgáne OP KŽP – Slovenskej agentúre  
životného prostredia. Kontrolovaným obdobím bolo obdobie rokov 2014 2021.  
OP Integrovaná infraštruktúra sa zameriava na sektor dopravy, informatizácie spoločnosti a podporu výskumu, vývoja  
a inovácií na roky 2014 až 2020 (Kohézny fond, Európsky fond regionálneho rozvoja). Jeho globálnym cieľom je podpora  
trvalo udržateľnej mobility, hospodárskeho rastu, posilnenie výskumu, technologického rozvoja a inovácií a zvýšenie  
konkurencieschopnosti malých a stredných podnikov prostredníctvom rozvoja dopravnej infraštruktúry, verejnej osobnej  
dopravy, informačnej spoločnosti, podpory výskumných, vývojových a inovačných kapacít a rozvoja malého a stredného  
podnikania.  
| 6  
 
 
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
OP Kvalita životného prostredia sa zameriava na podporu napĺňania cieľov stratégie Európa 2020 pre inteligentný,  
udržateľný a inkluzívny rast vo všetkých regiónoch Slovenska. Hlavným cieľom je podpora udržateľného a efektívneho  
využívania prírodných zdrojov, zabezpečenie ochrany životného prostredia, aktívne prispôsobenie sa zmenám klímy  
a propagácia energetickej účinnosti a nízkouhlíkového hospodárstva.  
Strategickou oblasťou zamerania kontrolnej akcie bola efektívna a transparentná verejná správa – Európske štrukturálne  
a investičné fondy.  
4
VÝSLEDKY KONTROLNEJ AKCIE  
4.1 EVIDENCIA A MONITOROVANIE NEZROVNALOSTÍ  
NKÚ SR v rámci kontrolnej akcie zistil na Ministerstve dopravy a výstavby SR aj na Ministerstve životného prostredia SR,  
ako aj na ich sprostredkovateľských orgánoch nedostatky v oblasti evidencie nezrovnalostí. Nedostatky zaznamenal aj pri  
monitorovaní vývoja nezrovnalostí, vykonávaní ich aktualizácií a plnení oznamovacej povinnosti, kde dochádzalo  
k prekročeniu stanovených lehôt v rozmedzí od desať až do 123 pracovných dní. V prípade ministerstva dopravy a jeho  
sprostredkovateľských orgánov navyše kontrola zaznamenala aj zadávanie neúplných, nesprávnych alebo neaktuálnych  
údajov o nezrovnalostiach do informačného systému ITMS2014+.  
Prekročenie stanovenej lehoty pre evidenciu a aktualizáciu nezrovnalosti a splnenie oznamovacej povinnosti, ako  
aj zdávanie neúplných, nesprávnych alebo neaktuálnych údajov o nezrovnalostiach do informačného systému  
ITMS2014+ môže mať významný vplyv na včasné spustenie procesu riešenia nezrovnalosti a na následnú  
úspešnosť jej vymáhania.  
Graf 1 – Fázy nezrovnalostí  
7. Vysporiadanie  
v SR  
9. Vymáhanie  
nezrovnalosti  
5. Oznámenie  
nezrovnalosti  
1. Vznik  
nezrovnalosti  
3. Zistenie  
nezrovnalosti  
4.  
10  
2. Prvá  
informácia o  
nezrovnalosti  
8. Správne  
konanie  
6. Riešenie  
nezrovnalosti  
Zdokumentovanie  
nezrovnalosti  
Vysporiadanie  
voči EK  
Zdroj: Usmernenie 2/2015-U  
Pri evidencii údajov o nezrovnalostiach a vysporiadaných finančných vzťahoch preveril NKÚ pokyny pre vykonávanie  
sumárnej kontroly presnosti, správnosti a úplnosti a priebežného vykonávania opráv nekorektných/neaktuálnych údajov  
v informačnom systéme ITMS2014+. Podľa výsledkov kontroly má Ministerstvo životného prostredia SR a jeho  
sprostredkovateľské orgány zabezpečený výkon tejto kontroly nastavený jednotne. Na Ministerstve dopravy a výstavy SR  
a jeho sprostredkovateľských orgánoch kontrolóri zistili nejednotný prístup k výkonu kontroly.  
4.2 RIEŠENIE A VYSPORIADANIE NEZROVNALOSTÍ  
NKÚ SR v oblasti riešenia nezrovnalostí vrátane administratívnych kapacít identifikoval, že MDV SR a jeho SO majú  
zavedené postupy na sledovanie konaní tretích strán (orgán auditu, Úrad pre verejné obstarávanie, orgány činné  
v trestnom konaní, súdy, Protimonopolný úrad a pod.), resp. postupujú podľa platných právnych predpisov a usmernení  
a metodických pokynov vydávaných na centrálnej úrovni zodpovednými orgánmi.  
MŽP SR a jeho SO postupujú v zmysle zavedených postupov, platných právnych predpisov, usmernení a metodických  
pokynov, avšak je potrebné zabezpečiť aj aktualizáciu nezrovnalostí zaevidovaných k skúmaniam tretích strán (orgán  
auditu, Úrad pre verejné obstarávanie, orgány činné v trestnom konaní, súdy, Protimonopolný úrad a pod.) v informačnom  
systéme ITMS2014+.  
| 7  
 
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
Dostupnosť informácií ku konaniam tretích strán môže byť v niektorých prípadoch problematická vzhľadom na dlhé časové  
úseky od zaslania žiadosti o informáciu do momentu doručenia odpovede. Podľa údajov z dotazníka NKÚ sa až 61%  
z oslovených subjektov, ako riadiacich či sprostredkovateľských orgánov, stretáva s neposkytnutím informácií zo strany  
OČTK, ak nie sú dotknutým subjektom v rámci operatívneho preverovania.  
Problémom je tiež z pohľadu riadiacich či sprostredkovateľských orgánov protichodnosť rozhodnutí a výstupov tretích  
strán. Kontrola zaznamenala opakované prípady, keď ÚVA trval na nezrovnalosti a teda oprávnenosti jej vymáhania,  
aj keď ÚVO rozhodol o tom, že zákon porušený nebol. Takáto nezrovnalosť je potom od prijímateľa nevymožiteľná.  
Pri vzniku nezrovnalostí a ich vymáhaní je z pohľadu štátu najvýznamnejšia rýchlosť a objem vymoženia. Je niekoľko  
postupov vymáhania, ktoré kontrolné skupiny zaznamenali na kontrolovaných subjektoch. Po prvé, sú to spôsoby,  
ktoré významne urýchľujú vymoženie ako napr. vzájomné započítavanie pohľadávok a záväzkov, vrátenie nezrovnalosti  
prostredníctvom vystavenia pohľadávky (ŽoV). Po druhé, postupy, ktoré napriek platobnej neschopnosti dlžníka,  
zabezpečujú finančné vracanie prostriedkov, ako napr. dohody o splátkach alebo dohody o odklade plnenia. V prípadoch  
nezrovnalostí k programovej štruktúre alebo s dlžníkom orgány využívajú aj vrátenie rozpočtovým opatrením. Najčastejšie  
používaným nástrojom vysporiadania nezrovnalostí je vrátenie nezrovnalosti prostredníctvom vystavenia pohľadávkového  
dokladu (ŽoV).  
Za príklad dobrej praxe NKÚ považuje rozhodnutie ministerstiev a ich SO využívať pri riešení agendy nezrovnalostí  
popri kumulovanej funkcii projektového manažéra aj samostatné pozície manažérov pre nezrovnalosti,  
ktorí zabezpečujú problematiku systémovo aj metodicky.  
K 31.12.2021 bolo na kontrolovaných subjektoch zaevidovaných celkom 98 nezrovnalostí, pričom zostatok na vrátenie  
predstavoval sumu 300,4 mil. eur (bližšiu špecifikáciu uvádzajú tabuľky č. 1 a 2). Táto skupina nezrovnalostí bola  
vygenerovaná z informačného systému ITMS2014+, pričom boli zohľadnené len nezrovnalosti v stave „zistená  
nezrovnalosť“.  
Tabuľka č. 1: OP KŽP, neuhradené nezrovnalosti k 31. 12. 2021 (bez technických nezrovnalostí a nezrovnalostí  
s príznakom N/A)  
OP KŽP  
počet  
celková suma  
nezrovnalosti spolu (v  
eurách)  
Zostatok na  
vrátenie – istina  
spolu (v eurách)  
nevysporiadané nezrovnalosti v stave zistená  
nezrovnalosť individuálna s dlžníkom prijímateľ,  
individuálna s dlžníkom orgán a nezrovnalosť  
k programovej štruktúre, z toho:  
28  
6 263 800,44  
6 140 434,77  
123 365,67  
4 267 061,13  
4 143 695,46  
123 365,67  
nevysporiadané nezrovnalosti individuálne  
s dlžníkom orgán  
26  
2
nevysporiadané nezrovnalosti individuálne  
s dlžníkom prijímateľ  
Zdroj: NKÚ na základe exportu dát z ITMS2014+  
Tabuľka č. 2: OP II, neuhradené nezrovnalosti k 31. 12. 2021 (bez technických nezrovnalostí a nezrovnalostí s príznakom  
N/A)  
OP II  
počet  
celková suma  
nezrovnalosti spolu  
(v eurách)  
zostatok na  
vrátenie – istina  
spolu  
(v eurách)  
nevysporiadané nezrovnalosti v stave: zistená  
nezrovnalosť individuálna s dlžníkom prijímateľ,  
individuálna s dlžníkom orgán a nezrovnalosť  
k programovej štruktúre  
70  
337 427 719,76 296 098 876,91  
nevysporiadané nezrovnalosti individuálne s dlžníkom  
orgán  
nevysporiadané nezrovnalosti individuálne s dlžníkom  
prijímateľ  
nevysporiadané nezrovnalosti k programovej štruktúre  
Zdroj: NKÚ na základe exportu dát z ITMS2014+  
18  
2 467 137,23  
38 030 107,62  
1 930 387,12  
25 455 358,54  
17  
35  
296 930 474,91 268 713 131,25  
| 8  
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
Na kontrolovaných subjektoch bolo k 31. 12. 2021 zaevidovaných v systéme ITMS2014+ celkom dvadsaťjeden  
nezrovnalostí, ktoré sú aktuálne predmetom konaní tretích subjektov. Tieto nezrovnalosti v celkovej sume zostatku na  
vrátenie predstavujú 302,4 mil. eur (viď tabuľky č. 3 a č. 4). V prípade potvrdenia týchto nezrovnalostí tretími subjektmi,  
bude aj u týchto nezrovnalostí nutné podniknúť všetky kroky, ktoré povedú k úspešnému vymoženiu a úhrade, teda  
bez zbytočného zaťaženia štátneho rozpočtu.  
Zároveň je potrebné poukázať na nezrovnalosti, ktoré už Slovensko uhradilo Európskej komisii, keďže takéto nezrovnalosti  
v prípade ich nevymoženia od prijímateľa budú mať priamy vplyv na štátny rozpočet. K 31. 12. 2021 bolo v kontrolovaných  
subjektoch deväť takýchto nezrovnalostí v sume zostatku na vymáhanie 1,9 mil. eur.  
Tabuľka č. 3: OP KŽP, nezrovnalosti v stave počiatočné preverovanie s finančným dopadom k 31. 12. 2021  
(bez technických nezrovnalostí a nezrovnalostí s príznakom N/A)  
OP KŽP  
počet  
celková suma  
nezrovnalosti spolu  
(v eurách)  
zostatok na  
vrátenie – istina  
spolu (v eurách)  
nezrovnalosti v stave: počiatočné preverovanie s  
finančným dopadom, individuálne s dlžníkom orgán a  
individuálne s dlžníkom prijímateľ  
Individuálne s dlžníkom orgán  
Individuálne s dlžníkom prijímateľ  
9
0
9
96 588 359,27  
0,00  
96 588 359,27  
85 335 160,44  
0,00  
85 335 160,44  
Zdroj: NKÚ na základe exportu dát z ITMS2014+  
Tabuľka č. 4: OP II, nezrovnalosti v stave: počiatočné preverovanie s finančným dopadom k 31. 12. 2021 (bez technických  
nezrovnalostí a nezrovnalostí s príznakom N/A)  
OP II  
počet  
celková suma  
nezrovnalosti spolu  
(v eurách)  
zostatok na vrátenie -  
istina spolu  
(v eurách)  
nezrovnalosti v stave: počiatočné preverovanie s  
finančným dopadom, individuálne s dlžníkom orgán  
a individuálne s dlžníkom prijímateľ  
12  
1
217 697 200,53  
584 724,71  
217 697 200,53  
584 724,71  
Individuálne s dlžníkom orgán  
Individuálne s dlžníkom prijímateľ  
11  
217 112 475,82  
217 112 475,82  
Zdroj: NKÚ na základe exportu dát z ITMS2014+  
Aktuálne programové obdobie 2014 až 2020 bude ukončené 31. 12. 2023; je potrebné vyvinúť vysoké úsilie na úspešné  
vysporiadanie nezrovnalostí s prijímateľmi, aby bolo úspešne uzatvorené programové obdobie bez negatívneho vplyvu na  
štátny rozpočet. Po skúsenostiach z predošlých programových období je potrebné poukázať na to, že ku koncu  
programového obdobia má počet a objem nezrovnalostí rastúcu tendenciu.  
V tabuľkách č. 5 a č. 6 uvádzame vybrané údaje z programového obdobia 2007 až 2013, kde sú k 20. 8. 2021 stále  
otvorené nezrovnalosti a to aj po niekoľkých rokoch od ukončenia programového obdobia. Vymožiteľnosť takýchto  
nezrovnalostí sa časom výrazne znižuje a hrozí tak zaťaženie štátneho rozpočtu.  
Tabuľka č. 5: Otvorené nezrovnalosti z PO 2007 2013, stav k 20. 8. 2021 (bez technických nezrovnalostí a nezrovnalostí  
s príznakom N/A)  
operačný  
počet  
suma  
zostatok istina  
počet  
suma  
nezrovnalosti  
istina na  
vymáhanie  
program nezrovnal. nezrovnalostí spolu v eurách nezrovnalostí v  
v stave  
podozrenie,  
vymáhanie,  
správne  
spolu v EUR  
stave  
počiatočné  
preverovanie  
spolu v eurách spolu v eurách  
konanie  
OP ŽP  
OP D  
OP VaV  
26 67 194 529,18  
22 83 861 866,66  
79 27 150 970,04  
66 182 719,18  
82 538 635,16  
25 801 682,33  
10  
2
20  
20 094 773,09 20 094 773,09  
37 044 857,78 37 044 857,78  
43 515 864,20 43 515 864,20  
Spolu  
127 178 207 365,88 174 523 036,67  
32 100 655 495,07 100 655 495,07  
Zdroj: NKÚ na základe údajov poskytnutých Certifikačným orgánom  
| 9  
 
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
Tabuľka č. 6: Otvorené nezrovnalosti s príznakom N/A, z PO 20072013, stav k 20. 8. 2021  
operačný počet suma zostatok – počet suma  
program nezrovnal. nezrovnalostí istina spolu v nezrovnalostí v nezrovnalosti  
istina na  
vymáhanie  
v stave  
podozrenie,  
vymáhanie,  
správne  
spolu v eurých  
eurách  
stave  
počiatočné  
preverovanie  
spolu v eurách spolu v eurách  
konanie  
OP ŽP  
OP D  
19  
0
9 352 383,61  
0,00  
9 352 383,61  
0,00  
0
0
0,00  
0,00  
0,00  
0,00  
OP VaV  
146 23 923 367,99  
23 923 367,99  
26  
745 627,25  
745 627,25  
745 627,25  
745 627,25  
Spolu  
165 33 275 751,60  
33 275 751,60  
26  
Zdroj: NKÚ na základe údajov poskytnutých Certifikačným orgánom  
4.3 ZABEZPEČENIE OCHRANY MAJETKU ŠTÁTU  
NKÚ SR overil v oblasti zabezpečenia ochrany majetku štátu zavedený postup vymáhania nezrovnalostí v prípade, keď  
dlžník neuhradí pohľadávku. Podľa výsledkov kontroly SAŽP ako sprostredkovateľský orgán ministerstva dopravy  
nedodržala postup pri desiatich nezrovnalostiach, keďže nezačala správne konanie po lehote ich splatnosti.  
Sprostredkovateľské orgány ministerstva školstva – Výskumná agentúra a Ministerstvo hospodárstva SR nedodržali  
postup v prípade siedmich nezrovnalostí, keďže nezačali správne konanie po lehote ich splatnosti, prípadne boli  
nezrovnalosti na správne konanie odstúpené so značným oneskorením – viac ako 40 pracovných dní od uplynutia lehoty  
ich splatnosti.  
Závažné pochybenie zistil NKÚ na SO SAŽP, ktorý nemal určený orgán plniaci úlohy odvolacieho orgánu  
pre správne konanie, ktorý vydáva rozhodnutia v prvostupňovom konaní. Odvolací orgán bol určený až v septembri 2021,  
teda koncom programového obdobia 2014 až 2020. RO a SO nemal zadefinovaný postup včasného a riadneho prihlásenia  
pohľadávky do konkurzného konania, reštrukturalizácie a postúpenie pohľadávky na súdne konanie.  
Kontrolóri NKÚ tiež zistili, že RO a SO nemajú explicitne zavedené postupy pre sledovanie konkurzných  
a reštrukturalizačných konaní. V manuáli procedúr chýba určenie zodpovedných útvarov a termínov. NKÚ odporúča RO  
a SO zadefinovať základný postup pre sledovanie konkurzných a reštrukturalizačných konaní v manuáli procedúr  
s určením lehôt.  
4.4 ODPORÚČANIA KONTROLOVANÝM SUBJEKTOM  
Kontrola NKÚ potvrdila vopred stanovené riziko nedostatočného dokumentovania a monitorovania vývoja nezrovnalostí  
riadiacimi a sprostredkovateľskými orgánmi. Zároveň poukázala na neskorú či neúplnú evidenciu nezrovnalostí v systéme  
ITMS2014+. Pri vysporiadaní nezrovnalostí, podľa výsledkov kontroly, využívajú RO a SO všetky dostupné nástroje,  
problémová je v tomto procese dostupnosť informácií od tretích strán.  
V rámci kontrolnej akcie sa potvrdili aj prípady neskorého začatia vymáhania nezrovnalosti s rizikom premlčania  
pohľadávky. Ak prijímateľ neuhradí nezrovnalosť a poskytovateľ bezodkladne nezačne správne konanie, výrazne sa  
zvyšuje riziko nevymožiteľnosti pohľadávky, pričom môže dôjsť až k jej premlčaniu, prípadne k zániku práv na jej  
vymáhanie alebo k zániku dlžníka. Zároveň nekonaním dochádza k porušeniu povinnosti zabezpečiť ochranu finančných  
záujmov EÚ, ktorá zahŕňa prevenciu, odhaľovanie, zisťovanie a riešenie nezrovnalostí, prijímanie nápravných opatrení  
vo forme finančných opráv a vysporiadania finančných vzťahov, či iné nápravné opatrenia v súlade s príslušnou  
legislatívnou EÚ.  
V rámci kontrolnej akcie boli formulované odporúčania pre kontrolované subjekty, ktoré uvádzame v Prílohe č. 1.  
| 10  
 
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
REAKCIA KONTROLOVANÉHO SUBJEKTU  
5
Vypracované protokoly o výsledku kontroly boli kontrolovaným subjektom predložené na oboznámenie sa s ich obsahom  
a na vznesenie námietok voči pravdivosti, úplnosti a preukázateľnosti kontrolných zistení uvedených v protokoloch  
o výsledku kontroly.  
MDV SR nevznieslo námietky voči kontrolným zisteniam, iba k odporúčaniam. NKÚ SR ich vyhodnotil ako  
neopodstatnené, pretože sa netýkali zistení a nespochybnili ich pravdivosť, úplnosť a preukázateľnosť.  
MŽP SR vznieslo námietky voči dvom zisteniam. Námietka bola NKÚ SR v jednom prípade vyhodnotená ako  
opodstatnená a bola zapracovaná do protokolu o výsledku kontroly formou dodatku. V druhom prípade bola námietka  
vyhodnotená NKÚ SR ako neopodstatnená, pretože sa netýkala zistení a nespochybnila ich pravdivosť, úplnosť  
a preukázateľnosť.  
Zdôvodnenie neopodstatnenosti námietok a dodatok k protokolu boli kontrolovaným subjektom predložené v písomnej  
forme a zároveň boli podrobne vysvetlené v rámci prerokovania protokolov o výsledku kontroly.  
NKÚ SR uložil kontrolovanému subjektu prijať a predložiť opatrenia na odstránenie kontrolou zistených nedostatkov  
a predložiť správu o ich plnení. NKÚ SR bude, v zmysle stanovených termínov, monitorovať a vyhodnocovať adekvátnosť  
prijatých opatrení, ako aj ich plnenie, resp. splnenie a účinnosť opatrení.  
6
TÍM KONTROLÓROV  
Kontrolná akcia bola realizovaná štyrmi kontrolórmi s dlhoročnou odbornou praxou. Vedúca kontrolnej akcie, vedúca  
kontrolnej skupiny a členky kontrolnej skupiny majú dlhoročné skúsenosti v oblasti kontroly fondov EÚ.  
7
KONTAKT  
Najvyšší kontrolný úrad Slovenskej republiky  
Priemyselná 2  
824 73 Bratislava  
+421 2 501 14 911  
Ministerstvo dopravy a výstavby SR  
Námestie slobody č. 6  
810 05 Bratislava  
+421 2 594 94 111  
Ministerstvo životného prostredia SR  
Námestie Ľudovíta Štúra 1  
812 35 Bratislava  
+421 2 595 61 111  
| 11  
 
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
8
PRÍLOHY  
PRÍLOHA Č.1 – ODPORÚČANIA KONTROLOVANÝM SUBJEKTOM  
V rámci kontrolnej akcie boli formulované nasledovné odporúčania pre kontrolovaný subjekt MDV SR.  
Pre nejednotný prístup k výkonu sumárnej kontroly presnosti, správnosti a úplnosti evidovania údajov o  
nezrovnalostiach a vysporiadaných finančných vzťahoch a priebežného vykonávania opráv v ITMS2014+,  
vrátane kontroly duplicít zo strany jednotlivých SO, NKÚ SR odporúča zosúladiť postupy výkonu  
a zdokumentovania tejto kontroly za RO a SO na úrovni OP II.  
Keďže v module nezrovnalostí v systéme ITMS2014+ dochádza k aktualizácii nezrovnalostí, v rámci ktorých  
prebieha konanie tretích strán. v niektorých prípadoch aj s odstupom niekoľkých rokov, pre zachovanie kontinuity  
a aktuálnosti informácií odporúčame zaviesť v interných postupoch RO a SO povinnosť vykonať minimálne razza  
kalendárny rok aktualizáciu nezrovnalostí, na ktorých prebieha skúmanie tretích strán v module nezrovnalostí  
v systéme ITMS2014+. Aktuálny stav nezrovnalosti, príp. informáciu o pretrvávajúcom stave odporúčame uviesť  
do popisu aktualizácie. Uvedený postup by zároveň preukázal, že sa dotknuté orgány aktívne zaujímajú o stav  
konania tretích strán.  
Zadefinovať minimálne základný postup pre sledovanie konkurzných a reštrukturalizačných konaní v manuáloch  
procedúr RO/SO s určením lehôt (určenie zodpovednosti jednotlivých útvarov, napr. kto bude prihlasovať, kto  
sleduje a pod.). Vzhľadom na skutočnosť, že ide o nástroj ochrany majetku štátu, je dôležité, aby nedošlo k  
premlčaniu vymoženia pohľadávky.  
V rámci kontrolnej akcie boli formulované nasledovné odporúčania pre kontrolovaný subjekt MŽP SR.  
V systéme ITMS2014+ odporúčame vypĺňať aj relevantné polia, ktorých vypĺňanie nie je síce v zmysle Manuálu  
č. 1/2017 - M povinné, ale ktoré sú užitočné pre kompletný obraz o stave a vývoji danej nezrovnalosti, príp. sú  
dôležité pre správne nastavenie a prijatie systémových opatrení na predchádzanie obdobným prípadom  
v budúcnosti; napr. v záložke popis nezrovnalosti uvádzať súvisiace nezrovnalosti nielen pri nezrovnalostiach  
s príznakom „NA“, ale aj pri nezrovnalostiach, kde je dlžníkom RO/SO, ak bola následne takáto nezrovnalosť  
„preklopená“ na prijímateľa a úhrada nezrovnalosti je viazaná práve na úhradu súvisiacej nezrovnalosti  
prijímateľa  
Vzhľadom na skutočnosť, že v ITMS2014+ dochádza k aktualizácii nezrovnalostí, na ktorých prebieha konanie  
tretích strán, v niektorých prípadoch aj s odstupom niekoľkých rokov, pre zachovanie kontinuity a aktuálnosti  
odporúčame zaviesť v interných postupoch RO a jeho SO povinnosť vykonať minimálne raz za kalendárny rok  
aktualizáciu nezrovnalostí, na ktorých prebieha skúmanie tretích strán v ITMS2014+. Aktuálny stav nezrovnalosti,  
príp. informáciu o pretrvávajúcom stave uviesť do popisu aktualizácie. Uvedený postup by zároveň preukázal, že  
dotknuté orgány sa aktívne zaujímajú o stav konania tretích strán.  
Zadefinovať postup včasného a riadneho prihlásenia pohľadávky do konkurzného konania, reštrukturalizácie  
a postúpenia pohľadávky na súdne konanie v manuáloch procedúr RO/SO – s určením lehôt aj určenie  
zodpovednosti jednotlivých útvarov, napr. kto bude prihlasovať, kto sleduje a pod.). Vzhľadom na skutočnosť, že  
ide o nástroj ochrany majetku štátu, je dôležité, aby nedošlo k premlčaniu vymoženia pohľadávky.  
| 12  
 
 
N A J V Y Š Š Í K O N T R O L N Ý Ú R A D S L O V E N S K E J R E P U B L I K Y  
PRÍLOHA Č.2 – VYHODNOTENIE DOTAZNÍKA  
NKÚ SR vypracoval v priebehu kontrolnej akcie dotazník, keďže boli identifikované oblasti, ktoré môžu spôsobovať  
problémy prierezovo viacerým RO/SO, zapojeným do riadenia Európskych štrukturálnych a investičných fondov. Tieto  
oblasti boli spracované do otázok, ktoré boli formou dotazníka predložené kontrolovaným subjektom. Oslovené boli  
kontrolované subjekty MDV SR (RO OP II) a jeho SO a MŽP SR (RO OP KŽP) a jeho SO. Ďalej boli oslovené RO pre OP  
Integrovaný regionálny operačný program MIRRI SR a jeho SO, RO pre OP Technická pomoc MIRRI SR, RO pre OP  
Efektívna verejná správa MV SR, RO pre OP Rybné hospodárstvo Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR  
a RO pre OP Ľudské zdroje Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR a jeho SO.  
Z dotazníka vyplynula ako riziková oblasť riešenia a vysporiadania nezrovnalostí so zameraním najmä na konanie  
tretích strán - OČTK, NAKA, PZ. Oslovené orgány uviedli, že problémom vo všeobecnosti je výmena informácií medzi  
OČTK, NAKA, PZ a RO/SO. Z osemnástich oslovených orgánov vníma ako problematickú túto oblasť jedenásť. Sedem  
orgánov považuje oblasť toku informácií pri konaní tretích strán – OČTK, NAKA a PZ za dostatočnú. Je však nutné uviesť,  
že v prípade týchto siedmich orgánov ide aj o orgány, ktoré nemajú dostatok skúseností s danou problematikou.  
Špecifická je tiež v prípadoch vybraných OP komunikácia so stavebnými úradmi. Oslovené subjekty uviedli napríklad, že  
v niektorých prípadoch informácie od stavebných úradov nepostačujú na to, aby RO/SO mohol spoľahlivo overiť splnenie  
podmienky poskytnutia príspevku týkajúcej sa vydaného stavebného povolenia / Oznámenia k ohláseniu. V niektorých  
prípadoch sa musí RO/SO obrátiť na MDV SR, aby usmernilo RO/SO, ako v danom prípade postupovať, aby sa predišlo  
vzniku nezrovnalostí.  
V prípade súdov vnímajú ako prekážku oneskorené publikovania rozsudkov súdov na webovom sídle a rôzny prístup  
súdov vzhľadom na nestanovené lehoty pre konanie / rozhodovanie v záležitostiach týkajúcich sa Európskych finančných  
prostriedkov. Prekážkami v spolupráci s Úradom pre verejné obstarávanie sú podľa oslovených subjektov najmä časová  
náročnosť v rámci vyžiadaných kontrol verejného obstarávania a dlhšie lehoty na vydanie rozhodnutí.  
Pri Protimonopolnom úrade Slovenskej republiky je problémom dlhá lehota na vyjadrenie ku skutočnosti, či sa začne/  
nezačne konanie, ako aj dĺžka samotného konania.  
Ako špecifickú prekážku uviedli oslovené subjekty (dvanásť z osemnástich oslovených subjektov) situáciu, kedy  
došlo k nepotvrdeniu nezrovnalosti (nepotvrdeniu pochybenia / porušenia zákona prijímateľom nenávratného  
finančného príspevku), avšak kontrolný orgán, ktorý nezrovnalosť identifikoval, naďalej trval na úhrade  
nezrovnalosti. Ide najmä o prípady nejednotnej rozhodovacej praxe v prípadoch vládnych auditov a rozhodnutí Úradu  
pre verejne obstarávanie pri porušení zákona o verejnom obstarávaní.  
Prehľad oslovených subjektov:  
MDV SR - RO OP II  
MIRRI SR - SO OP II  
MH SR - SO OP II  
MIRRI SR - RO OP IROP  
NSK - SO OP IROP  
KSK - SO OP IROP  
MŠVVaŠ SR - SO OP II  
MŠVVaŠ SR - VA - SO OP II  
MŽP SR - RO OP KŽP  
SAŽP - SO OP KŽP  
SIEA - SO OP KŽP  
MIRRI SR - RO OP TP  
MV SR - RO OP EVS  
MPRV SR - RO OP RH  
MPSVR SR - RO OP ĽZ  
MŠVVaŠ SR - SO OP ĽZ  
MV SR - SO OP ĽZ  
MV SR - SO OP KŽP  
MV SR - SO OP ĽZ  
| 13