V § 12 sú upravené opatrenia na predchádzanie ochoreniam. V § 48 ods. 4 sú upravené opatrenia, ktoré nariaďuje Úrad verejného zdravotníctva a regionálne úrady verejného zdravotníctva pri ohrození verejného zdravia. Ak je tieto opatrenia potrebné nariadiť na celom území Slovenskej republiky, určitej časti jej územia alebo pre skupinu inak ako jednotlivo určených osôb, nariaďuje ich ministerstvo zdravotníctva, Úrad verejného zdravotníctva alebo regionálne úrady verejného zdravotníctva všeobecne záväzným právnym predpisom (§ 59b ods. 1), pričom tento všeobecne záväzný právny predpis vydávaný Úradom verejného zdravotníctva alebo regionálnym úradom verejného zdravotníctva sa označuje názvom vyhláška a vyhlasuje vo Vestníku vlády (§ 59b ods. 3).
Zákon explicitne nerieši, či z opatrení nariadených prostredníctvom všeobecne záväzných právnych predpisov podľa § 59b ods. 1 je alebo nie je možné povoľovať výnimky a tieto výnimky zrušovať. Generálny prokurátor v tejto súvislosti doručil dňa 28. 1. 2021 Úradu verejného zdravotníctva dva protesty prokurátora, (protest proti vyhláške č. 67 z roku 2020 a protest proti vyhláške č. 7 z roku 2021), v ktorých navrhol zrušenie častí týchto dvoch vyhlášok.
Ako základný argument v oboch protestoch generálny prokurátor uvádza, že Úrad verejného zdravotníctva nemá zákonné zmocnenie na udelenie výnimiek pri nariadení opatrení na predchádzanie ochoreniam podľa § 12 a opatrení pri ohrození verejného zdravia podľa § 48 ods. 4 zákona, v tomto prípade konkrétne na nariadenie niektorých výnimiek z opatrení podľa § 12 ods. 2 písm. f) a § 48 ods. 4 písm. u) zákona, čiže z karanténnych opatrení a z nariadenia izolácie určitých osôb.
Okrem toho sa generálny prokurátor výslovne odvolal na § 5 ods. 4 písm. m) zákona, podľa ktorého Úrad verejného zdravotníctva povoľuje a zrušuje ním povolené výnimky, ak to ustanovuje tento zákon, pričom zákon upravuje povoľovanie výnimiek len v ustanoveniach § 5, § 6, § 13, § 17, § 17b, § 17c, § 32, § 33, § 34, § 43 a § 57, a teda a contrario nie v ustanoveniach § 12 a § 48.
Predkladatelia návrhu zákona sa nestotožňujú s argumentáciou generálneho prokurátora smerujúcou proti výnimkám z opatrení podľa § 12 a § 48 ods. 4, ktoré nie sú individuálne povoľované a rušené Úradom verejného zdravotníctva alebo regionálnymi úradmi verejného zdravotníctva, ale sú vymedzené priamo v texte všeobecne záväzného právneho predpisu podľa § 59b. V takomto prípade totiž nejde o výnimky z opatrení, o ktorých rozhoduje príslušný orgán (povoľuje ich alebo ruší), ale o typové vymedzenie prípadov, na ktoré sa príslušné opatrenie vzťahuje a na ktoré sa príslušné opatrenie nevzťahuje. K tomuto vymedzeniu neprichádza rozhodovacou činnosťou príslušného orgánu, ale priamo textom všeobecne záväzného právneho predpisu.
Odlišná situácia existuje vo vzťahu k individuálnym výnimkám, o ktorých povolení rozhoduje Úrad verejného zdravotníctva. Takýmto typom výnimky je generálnym prokurátorom napadnutá výnimka obsiahnutá v § 6 vyhlášky Úradu verejného zdravotníctva Slovenskej republiky č. 7/2021 V. v., ktorou sa nariaďujú opatrenia pri ohrození verejného zdravia ku karanténnym povinnostiam osôb po vstupe na územie Slovenskej republiky. Tá umožňuje Úradu verejného zdravotníctva udeliť výnimku z povinností a obmedzení, ktorým sú povinné podrobiť sa osoby vracajúce sa zo zahraničia, a to „len v nevyhnutných prípadoch na základe odôvodnenej písomnej žiadosti člena vlády Slovenskej republiky, do ktorého pôsobnosti dôvod prekročenia hranice patrí“ (§ 6 ods. 1 vyhlášky). V tomto prípade evidentne ide o individuálne rozhodovanie úradu verejného zdravotníctva o povolení výnimky z nariadeného opatrenia.
Preto môže vzniknúť pochybnosť, či zákonné zmocnenie na udeľovanie výnimky z nariadeného opatrenia je implicitne obsiahnuté v samotnom zákonnom zmocnení Úradu verejného zdravotníctva nariadiť príslušné opatrenie, a teda upraviť aj všetky podmienky týkajúce sa tohto opatrenia, alebo je pre možnosť, aby úrad verejného zdravotníctva rozhodoval o individuálnych výnimkách z opatrení, potrebné samostatné a explicitné zákonné zmocnenie.