K bodu 40 a 41
Umožňuje sa vyhradiť miesta pre pohyb mimo vyznačeného turistického a náučného chodníka aj pre celé chránené územia, keďže v prípade veľkého počtu území nemusí ísť o aktivitu, ktorá by mohla negatívne ovplyvniť predmet ich ochrany. Ustanovuje sa tiež výnimka pre pohyb správcov vodných tokov, keďže súčasná výnimka týkajúca sa správcov pozemkov nie je vždy na tieto subjekty aplikovateľná.
K bodu 42
Ustanovuje sa výnimka na vykonanie terénnych úprav, ak sú tieto nevyhnutné na zabezpečenie prírode blízkeho hospodárenia v lesoch po dohode s organizáciou ochrany prírody.
K bodu 43
V nadväznosti na predchádzajúcu úpravu náhodnej ťažby sa orgánu ochrany prírody určuje pôsobnosť túto činnosť obmedziť, zakázať alebo určiť podmienky jej vykonania, ak by bola v rozpore s predmetom ochrany dotknutého územia. V osobitných prípadoch, keď náhodnou ťažbou môže vzniknúť holina nad 0,3 ha, sa na vykonanie tejto činnosti bude vyžadovať súhlasné stanovisko organizácie ochrany prírody. Zákaz vykonania náhodnej ťažby sa použije v najnevyhnutnejších prípadoch, kedy hrozí poškodenie alebo zničenie biotopu.
K bodom 44 až 46
Ustanovujú sa činnosti, vykonávanie ktorých vykonávanie je zakázané v štvrtom stupni ochrany z dôvodu potreby ochrany lesných biotopov európskeho významu a biotopov národného významu a vylúčenia nežiadúcich praktík pri ich obhospodarovaní v chránených územiach a ich ochranných pásmach, ako aj z dôvodu ochrany druhov európskeho významu a druhov národného významu pred nežiadúcimi rušivými vplyvmi a z dôvodu eliminácie nežiadúceho šírenia nepôvodných druhov rastlín. Ďalej sa tiež vypúšťa zákaz rozorávania trvalých trávnych porastov vzhľadom na úpravu v § 14 ods. 1 písm. k).
K bodu 47
Medzi činnosti, na vykonanie ktorých sa vyžaduje súhlas orgánu ochrany prírody, sa dopĺňa chytanie, usmrcovanie a lov živočíchov mokradiach. Ďalšia úprava vychádza zo zmien vykonaných v rámci predchádzajúcich novelizačných bodov. Súčasne sa upravuje ustanovenie zákona týkajúce sa vyhradenia miest pre výkon zakázaných činností v štvrtom a piatom stupni ochrany, ktoré pôvodná úprava zákona neobsahovala, a ktorého uplatnenie pre tieto stupne ochrany vo vzťahu k vybraným zakázaným činnostiam nie je dôvodná.
K bodu 48
V nadväznosti na predchádzajúcu úpravu náhodnej ťažby v treťom stupni ochrany sa orgánu ochrany prírody, resp. organizácii ochrany prírody určuje rovnaká pôsobnosť vo vzťahu k vykonávaniu náhodnej ťažby v území so štvrtým stupňom ochrany.
K bodu 49
Spresňuje sa zákaz týkajúci sa poškodzovania pôdneho a vegetačného krytu, ako aj zákaz týkajúci sa činnosti, ktorou môže dôjsť k zásahom do mokradí, resp. koryta vodného toku.