Výzvy, s ktorými sú konfrontované organizácie zaoberajúce sa výskumnou a vývojovou činnosťou s právnou formou rozpočtovej organizácie alebo príspevkovej organizácie., najmä tlak na zabezpečenie väčšieho podielu zdrojov z nadnárodných projektov a z podnikateľského sektora na financovaní svojej činnosti a na zintenzívnenie prenosu výsledkov výskumu a vývoja do praxe, samostatné rozhodovanie v kľúčových otázkach, ako je zapojenie sa do projektov a získavanie kontraktov s priemyselnou sférou, rozvoj aktivít, aj smerom do priemyselného výskumu.