K bodu 11Z dôvodu elektronickej komunikácie sa upravujú náležitosti záznamu, pokiaľ ide o osobu konajúcu v mene colného úradu. Ak sa vyhotovuje záznam v elektronickej podobe, vlastnoručný podpis sa nahrádza zaručeným elektronickým podpisom. Vlastnoručný podpis a odtlačok služobnej pečiatky bude náležitosťou, ak ide o záznam v listinnej podobe.
Z dôvodu elektronickej komunikácie sa upravujú náležitosti protokolu, pokiaľ ide o osobu konajúcu v mene colného úradu. Ak sa vyhotovuje protokol v elektronickej podobe, vlastnoručný podpis sa nahrádza zaručeným elektronickým podpisom. Vlastnoručný podpis a odtlačok služobnej pečiatky bude náležitosťou, ak ide o protokol v listinnej podobe.
Vypúšťa sa text týkajúci sa zápisu sumy colného dlhu do účtovnej evidencie, pretože povinnosť zápisu už nie je v kódexe konštruovaná ako nevyhnutná podmienka oznámenia colného dlhu, ktorej splnenie by muselo časovo predchádzať momentu oznámenia.
Kontroly po prepustení v súlade s čl. 48 kódexu nie je možné zúžiť len na kontroly zamerané na tovar prepustený do colného režimu na základe colného vyhlásenia. Okrem colného vyhlásenia overovaniu presnosti a úplnosti informácií v nich uvedených podlieha aj vyhlásenie na dočasné uskladnenie, predbežné colné vyhlásenie o vstupe, predbežné colné vyhlásenie o výstupe, vyhlásenie o spätnom vývoze alebo oznámenie o spätnom vývoze.
V nadväznosti na úpravu navrhovanú v zákone č. 652/2004 Z. z. sa vypúšťa označenie „pohraničný“ pri colnom úrade, ktorý je oprávnený vydávať príslušné povolenie.
Odsek 10 sa vypúšťa z dôvodu nadbytočnosti.
Vypúšťa sa pojem „slobodný sklad“, keďže inštitút slobodného skladu sa už v kódexe, ani v delegovaných aktoch, ani vo vykonávacích aktoch neustanovuje.
Náklady a ich úhrada boli pôvodne upravené v § 18, avšak len v súvislosti s vydaním záväznej informácie. V podstate identické ustanovenia boli presunuté do nového § 15a tak, aby bolo zrejmé, že náklady špecifikované v odseku 1 znáša žiadateľ o vydanie akéhokoľvek rozhodnutia o uplatnení colných predpisov vrátane záväzných informácií.
V súlade s novými colnými predpismi EÚ na rozdiel od záväzných informácií o nomenklatúrnom zatriedení (ďalej len „ZINZ“) je režim pre záväzné informácie o pôvode tovaru (ďalej len „ZIPT“) upravený odlišne. Pri ZIPT sa neuvažuje s elektronickou formou a členské štáty sú oprávnené upraviť spôsob, ako možno predložiť žiadosť o vydanie ZIPT a vydať rozhodnutie o ZIPT inak, ako elektronicky. Vzor rozhodnutia o ZIPT je ustanovený novými colnými predpismi EÚ.