1299/2013 z 17 decembri 2013 o osobitných ustanoveniach na podporu cieľa Európska územná spolupráca z Európskeho fondu regionálneho rozvoja, kedy sa verejné financie neposkytujú priamo orgánom verejnej správy na území SR, ale sú posielané z riadiaceho orgánu sídliaceho v zahraničí, na základe kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR, ak krajina prijala pozvanie na účasť na programe spolupráce.Útvar vykonávajúci kontrolu na mieste, môže byť organizačne nezávislý od iných organizačných útvarov orgánu verejnej správy alebo môže byť súčasťou opisu činností alebo pracovnej náplne zamestnancov vykonávajúcich administratívnu finančnú kontrolu s cieľom umožniť tým istým zamestnancom, ktorí rozhodujú o pridelení finančných prostriedkov prostredníctvom administratívnej finančnej kontroly ísť skontrolovať finančnú operáciu aj na miesto.
Finančnú kontrolu na mieste vykonávajú aspoň dvaja zamestnanci orgánu verejnej správy len na základe písomného poverenia, čím sa vylučuje možnosť zneužitia právomocí konkrétneho zamestnanca, ktorému uvedená činnosť nevyplýva z opisu činností alebo pracovnej náplne. Z poverenia musí byť zrejmé, ktoré osoby sú oprávnené na výkon kontroly, kto je povinnou osobou, čo je cieľom kontroly. Poverenie musí byť vyhotovené v písomnej forme podpísané a datované.
Spravidla sa kontrolou na mieste overuje skutočné dodanie tovarov, služieb a prác, overuje sa účtovníctvo povinnej osoby, personálne výdavky, napĺňanie horizontálnych princípov, súlad realizácie finančnej operácie s podmienkami dohodnutými v zmluve a pod. Overuje sa celkový súlad výdavkov a skutočností deklarovaných zo strany povinnej osoby prostredníctvom predložených dokladov so skutočnosťou. Finančná kontrola na mieste sa spravidla vykonáva na vzorke, čo ale nebráni orgánu verejnej správy, aby v prípade pochybnosti vykonal 100% kontrolu. Finančnou kontrolou na mieste je orgán verejnej správy oprávnený overovať finančnú operáciu alebo jej časť aj opakovane, pokiaľ je to potrebné pre správne stanovenie oprávnenosti výdavkov, alebo je výkon uvedenej činnosti potrebný z iných relevantných dôvodov, napr. podozrenie z podvodu, nezrovnalosti, žiadosť Európskej komisie, vnútroštátnych orgánov.
Vykonaním finančnej kontroly na mieste a vypracovaním správy nezaniká povinnosť vykonať aj základnú finančnú kontrolu a okrem správy je potrebné na doklade súvisiacom s finančnou operáciou alebo jej časťou uviesť požadované skutočnosti uvedené v § 7 ods. 3, pričom za takýto doklad môže byť považovaná aj správa z finančnej kontroly na mieste za predpokladu, že v nej budú uvedené aj povinné náležitosti vyplývajúce z ustanovení o základnej finančnej kontrole, t. j. meno a priezvisko osôb, ktoré vykonali základnú finančnú kontrou, ich podpisy, dátum vykonania základnej finančnej kontroly a vyjadrenie, či je alebo nie je možné finančnú operáciu alebo jej časť vykonať, v nej pokračovať alebo vymáhať poskytnuté plnenie, ak sa finančná operácia alebo jej časť už poskytla.
K § 10
Ustanovením upravujú spoločné pravidlá pre výkon vnútorného auditu a vládneho auditu, ako nezávislého kontrolného inštitútu v rámci systému verejnej vnútornej kontroly.
Z dôvodu zachovania si objektívneho názoru na overované skutočnosti, musí byť vnútorný audit nezávislý od riadiacich štruktúr a výkonu finančnej kontroly. Z rovnakého dôvodu musí byť zachovaná organizačná aj funkčná nezávislosť vládneho auditu od riadiacich štruktúr, výkonu finančnej kontroly a vnútorného auditu.