Tretia časť návrhu zákona, nazvaná uplatnenie nároku na náhradu škody, sa skladá z dvoch paragrafov. Tieto dva paragrafy upravujú spomenuté dva odlišné, no zároveň komplementárne režimy uplatňovania nároku na náhradu škody. V § 4 je podrobnejšie vymedzený procesný postup uplatnenia nároku na náhradu škody štátom.
Režim upravený v týchto ustanoveniach zákona je primárnym režimom uplatňovania nároku na náhradu škody, ktorá bola spôsobená štátu.
V tomto procese koná vo veci uplatnenia nároku na náhradu škody generálny prokurátor, pričom nevyhnutným titulom na uplatnenie nároku je právoplatné rozhodnutie iného príslušného orgánu o porušení povinnosti verejného činiteľa (napríklad súdu alebo orgánu vykonávajúceho kontrolu). Generálny prokurátor koná v tejto veci ex offo a v mene štátu. Informácie o vzniku škody môže prokurátor získať aj od Najvyššieho kontrolného úradu Slovenskej republiky, resp. Úradu pre verejné obstarávanie, keďže oba orgány majú zákonnú povinnosť informovať prokuratúru o vydaní svojho rozhodnutia, v ktorom túto skutočnosť konštatujú.
Osobitne dôležitým ustanovením tejto časti návrhu zákona je odsek 4, v ktorom je konštatované, že právo na náhradu škody spôsobenej štátu má štát. Platnosť tohto ustanovenia je nutné vnímať aj v kontexte návrhu zákona ako celku – štát je jediným subjektom, ktorý má právo na náhradu škody, a to aj v tom prípade, keď ju vymáha tretia osoba.
Návrh zákona v neposlednom rade zavádza osobitnú desaťročnú objektívnu premlčaciu lehotu na uplatnenie práva na náhradu škody, ktorá začína plynúť od dátumu, kedy k predmetnej udalosti došlo.
Okrem tohto procesu, v ktorom je výhradne zainteresovaný štát samotný, chrániaci verejné prostriedky, existuje aj druhý režim, v ktorom je výrazne zastúpený práve občiansky prvok. Tento režim je predmetom ďalších ustanovení návrhu zákona.
Druhý paragraf tretej časti návrhu zákona obsahuje proces uplatnenia práva na náhradu škody treťou osobou v mene štátu a predstavuje jeden z nosných a zároveň najviac inovatívnych pilierov návrhu zákona.
Zákon práve v tejto časti plnohodnotne využíva myšlienku americkej žaloby „qui tam.“ Z tohto dôvodu je vhodné aspoň v krátkosti priblížiť americký koncept, ktorý poslúžil ako hlavná inšpirácia. Z terminologického hľadiska vznikol názov tejto žaloby skrátením latinskej vety, ktorá opisuje podstatu tejto žaloby: „qui tam pro domino rege quam pro se ipso in hac parte sequitur.“ Táto veta, vo voľnom preklade, opisuje osobu, ktorá „žaluje v mene kráľa rovnako ako v mene vlastnom,“ pričom americká moderná odborná terminológia pre takúto osobu pozná pojem „whistleblower.“ Keďže slovenský jazyk presný ekvivalent pre tento pojem nemá, s menším sémantickým posunom je možné túto osobu označiť ako informátora resp. oznamovateľa alebo v prenesenom význame bojovníka proti korupcii.