Oprávnené územia, v rámci ktorých je možné realizovať projekty s finančnou podporou niektorého z programov sú určené podľa geografickej orientácie programu na úrovni NUTS III v rámci susediacich regiónov zúčastnených štátov.
Výzvy na predkladanie žiadostí o poskytnutie finančného príspevku z ERDF za jednotlivé programy boli vyhlasované priebežne. V rámci programu cezhraničnej spolupráce SR-ČR 2007-2013 s alokáciou 92 740 141,- € z prostriedkov ERDF boli doteraz vyhlásené štyri výzvy na predkladanie žiadostí o poskytnutie finančného príspevku. K 31.12.2012 program eviduje 216 schválených projektov vo výške 88,5 mil. € (za zdroj ERDF) a 182 zmlúv o poskytnutí finančného príspevku z ERDF v celkovej výške takmer 78,5 mil. €. K uvedenému obdobiu bolo prijímateľom vyplatených 46,9 mil. € (za zdroj ERDF), čo tvorí 50,6 % zo záväzku pre program.
Na program cezhraničnej spolupráce Maďarsko - Slovensko bolo alokovaných 176 496 479,- € z prostriedkov ERDF. Do konca roka 2012 bolo vyčerpaných takmer 56 mil. €, čo predstavuje 31,69 % z celkovej alokácie programu. V rámci programu bolo schválených 340 žiadostí o poskytnutie finančného príspevku.
Schválená alokácia ERDF pre Program cezhraničnej spolupráce Poľsko – Slovenská republika 2007-2013 činí 157 407 763,- €. V rámci programu boli vyhlásené 2 výzvy na predkladanie žiadostí o poskytnutie FP. K 31. decembru 2012 bolo schválených 111 projektov v hodnote viac ako 162 mil. € z ERDF. K uvedenému dátumu dosiahlo čerpanie prostriedkov ERDF za program sumu 73,2 mil. €, čo predstavuje 46,55% alokácie na program.
V rámci programu cezhraničnej spolupráce SK-AT 2007-2013 s alokáciou 59 906 355,13 € z prostriedkov ERDF bolo vyhlásených 10 kôl priebežnej výzvy na predkladanie žiadostí o poskytnutie finančného príspevku. K 31.12.2012 program eviduje 91 schválených projektov vo výške 56,5 mil. € (za zdroj ERDF) a 74 zmlúv o poskytnutí finančného príspevku z ERDF v celkovej výške takmer 46,7 mil. €. K uvedenému obdobiu bolo prijímateľom vyplatených 16,9 mil. € (za zdroj ERDF), čo tvorí 28,2 % zo záväzku pre program.
Čerpanie programu cezhraničnej spolupráce ENPI HU-SK-RO-UA 2007-2013 je v súčasnosti 21,39 mil. € z prostriedkov ENPI, čo predstavuje približne 31,16 % alokácie pre program V súčasnosti prebieha uzatváranie 30 zmlúv z 3. kola výzvy zo zdrojov ENPI a príprava 27 zmlúv zo štátneho rozpočtu SR.
V programoch cezhraničnej spolupráce sa v roku 2013 predpokladá zrýchlenie čerpania kontrahovaných prostriedkov.