V nedaňových príjmoch je zaznamenaný nárast v administratívnych poplatkoch a iných poplatkoch a platbách o 1,61 mil. eur (školné od externých študentov, poplatky za štúdium v cudzom jazyku, atď.) a iných nedaňových príjmov o 1,40 mil. eur oproti schválenému rozpočtu roku 2012. Pokles nedaňových príjmov je v kapitálových príjmoch o 3,21 mil. eur a v úrokoch z tuzemských úverov a pôžičiek o 180 tis. eur.
MŠVVŠ SR zvýšilo bežný transfer pre VVŠ na rok 2013 oproti schválenému rozpočtu roku 2012 o 29,1 mil. eur vrátane zdrojov EÚ a prostriedkov štátneho rozpočtu na spolufinancovanie z OP Výskum a vývoj a OP Vzdelávanie a kapitálový transfer o 115,2 mil. eur oproti schválenému rozpočtu roku 2012 zo zdrojov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu.
VVŠ budú mať k dispozícii aj transfer od Audiovizuálneho fondu každoročne v rozmedzí od 233 tis. eur v roku 2013 až do 258 tis. eur v roku 2015. Finančné prostriedky fondu sa poskytujú na produkciu školských filmov, ktoré sú integrálnou súčasťou vysokoškolského vzdelávania v študijnom odbore filmové umenie.
Zdroje získané na základe úspešnosti v súťažiach na projekty financované prostredníctvom Agentúry na podporu vedy a výskumu sú navrhované v rámci bežných transferov zo štátneho rozpočtu vo výške 4,17 mil. eur na rok 2013, 6,0 mil. eur na rok 2014 a 4,99 mil. eur na rok 2015.
Návrh rozdelenia výdavkov do jednotlivých kategórií je len orientačný, keďže v zmysle § 89 zákona č. 131/2002 Z. z. o vysokých školách v znení neskorších predpisov je použitie dotácie zo štátneho rozpočtu priamo v kompetencii verejnej vysokej školy.
Výdavky na rok 2013 celkovo rastú oproti schválenému rozpočtu roku 2012 o 144 mil. eur, čo predstavuje 24,4 %.
Bežné výdavky na rok 2013 rastú oproti schválenému rozpočtu roku 2012 o 29,2 mil. eur. Osobné výdavky sú rozpočtované pre vysokoškolských pedagógov, výskumných a umeleckých pracovníkov, ako aj ostatných pracovníkov VVŠ v počte 21 529 osôb. Celkové osobné výdavky zaznamenávajú nárast v roku 2013 oproti roku 2012 o 7,95 mil. eur, t. j. 2,58 %.
Výdavky na tovary a služby sú rozpočtované na financovanie študijných programov a prevádzku VVŠ, na riešenie projektov vedy a výskumu (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu) a rozvoj vysokých škôl. Výdavky rozpočtované pre túto oblasť na rok 2013 oproti schválenému rozpočtu roku 2012 rastú o 22,0 mil. eur, t. j. 12,0 % vrátane zdrojov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu.
Bežné transfery sú nižšie oproti schválenému rozpočtu roku 2012 o 0,76 mil. eur, t. j. 0,99 %. Z bežných transferov sú financované sociálne štipendiá, motivačné štipendiá, podpora stravovania, ubytovania, kultúrnych a športových aktivít študentov a pastoračných centier, členské príspevky medzinárodným organizáciám, odchodné, odstupné, nemocenské dávky, atď.
Kapitálové výdavky v roku 2013 oproti schválenému rozpočtu roku 2012 rastú o 115 mil. eur, t. j. 485 % z dôvodu zvýšenia rozpočtu prostriedkov Európskej únie vrátane