Celkové príjmy VVŠ navrhované na rok 2012 rastú oproti schválenému rozpočtu roku 2011 o 32,3 mil. eur, čo predstavuje 4,35 %. Celkové transfery oproti schválenému rozpočtu roku 2011 rastú o 9,1 mil. eur, pričom transfer zo štátneho rozpočtu vrátane zdrojov zo štrukturálnych fondov a spolufinancovania rastie o 8,9 mil. eur.
Vlastné zdroje VVŠ, pozostávajúce najmä z výnosov zo školného od zahraničných študentov, z poplatkov spojených so štúdiom, z kontraktačného výskumu, z ďalšieho vzdelávania a zo zabezpečenia ubytovania a stravovania, sa predpokladajú dosiahnuť v objeme 135 mil. eur v roku 2012, v objeme 139 mil. eur v roku 2013 a 139 mil. eur v roku 2014.
Celkový nárast nedaňových príjmov v roku 2012 oproti schválenému rozpočtu roku 2011 predstavuje sumu 24,6 mil. eur, t. j. 22,27 %.
V nedaňových príjmoch je zaznamenaný nárast v príjmoch z podnikania a vlastného majetku o 78,0 tis. eur, v administratívnych poplatkoch a iných poplatkoch a platbách o 16,0 mil. eur (školné od externých študentov), v kapitálových príjmoch o 1,00 mil. eur a iných nedaňových príjmov o 7,54 mil. eur oproti schválenému rozpočtu roku 2011.
MŠVVaŠ SR zvýšilo bežný transfer zo štátneho rozpočtu pre VVŠ na rok 2012 oproti schválenému rozpočtu roku 2011 o 16,1 mil. eur, transfery z OP Výskum a vývoj a OP Vzdelávanie klesajú o 7,13 mil. eur (zmenou alokácie výdavkov) a kapitálový transfer je na úrovni roku 2011.
VVŠ budú mať k dispozícii aj transfer od Audiovizuálneho fondu každoročne v rovnakej výške 150 tis. eur. Finančné prostriedky fondu sa poskytujú na produkciu školských filmov, ktoré sú neoddeliteľnou súčasťou vysokoškolského vzdelávania v študijnom odbore filmové umenie.
Zdroje na projekty financované z APVV sú zatiaľ rozpísané mimo transferov určených pre verejné vysoké školy, ale na základe úspešnosti v súťažiach budú zohľadnené v upravenom rozpočte VVŠ.
Návrh rozdelenia výdavkov do jednotlivých kategórií je len orientačný, keďže v zmysle § 89 zákona č. 131/2002 Z. z. o vysokých školách v znení neskorších predpisov je použitie dotácie zo štátneho rozpočtu priamo v kompetencii vysokej školy.
Výdavky na rok 2012 celkovo rastú oproti schválenému rozpočtu roku 2011 o 33,6 mil. eur, čo predstavuje 6,04 %.
Bežné výdavky na rok 2012 rastú oproti schválenému rozpočtu roku 2011 o 32,4 mil. eur. Osobné výdavky sú rozpočtované pre vysokoškolských pedagógov, výskumných a umeleckých pracovníkov, ako aj ostatných pracovníkov VVŠ v počte 21 529 osôb. Celkové osobné výdavky zaznamenávajú nárast v roku 2012 oproti roku 2011 o 14,5 mil. eur, t. j. 4,96 %. Priemerný mzdový výdavok na rok 2012 v sume 881 eur predstavuje nárast o 38 eur oproti rozpočtovanej úrovni roku 2011.
Výdavky na tovary a služby sú rozpočtované na financovanie študijných programov a prevádzku VVŠ, na riešenie projektov vedy a výskumu (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu) a rozvoj vysokých škôl.