V piatej časti (§ 70 až 82) sa ustanovujú pravidlá konaní vo veciach cenotvorby a kategorizácie.
K osobitostiam týchto konaní patrí určitý stupeň kontradiktórnosti, keď na jednej strane vystupujú podnikateľské subjekty na strane ponuky liekov, zdravotníckych pomôcok a dietetických potravín, teda subjekty, ktorých základným účelom je dosahovanie zisku z predaja, a na strane druhej - teda na strane dopytu - vystupujú zdravotné poisťovne ako osobitne regulované podnikateľské subjekty, ktorých jedným z účelov je dosahovanie zisku z cieľavedomej regulácie vynakladania zdrojov verejného zdravotného poistenia získaných výberom od platiteľov poistného. Ministerstvo tak vystupuje čiastočne v úlohe nestranného arbitra. V niektorých prípadoch ministerstvo začína konanie aj z vlastného podnetu.
Návrh zákona odstraňuje neprirodzený stav, keď sa rozhodovalo o rozsahu vynakladania prostriedkov verejného zdravotného poistenia bez priamej účasti zdravotných poisťovní ako účastníkov konaní. Úlohou ministerstva v týchto procesoch je plniť funkciu regulátora vydávaním rozhodnutí v medziach a na základe tohto zákona. Sledovanie výdavkovej strany verejného zdravotného poistenia v konkrétnostiach je úlohou zdravotných poisťovní.
Transparentnosť procesov sa zvyšuje najmä zavedením povinnosti zverejňovať žiadosti, podnety a rozhodnutia vo veciach kategorizácie a úradného určenia cien na webovom sídle Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky. Stanovujú sa štandardné termíny zverejňovania rozhodnutí, ako aj štandardné termíny, kedy sa jednotlivé rozhodnutia stávajú vykonateľnými.
V § 71 sa jednoznačne určujú účastníci konaní vo veciach kategorizácie a cenotvorby. Priznanie postavenia účastníka konania zdravotným poisťovniam vyplýva z nutnosti odstránenia doterajšieho neprirodzeného stavu, keď strana subjektov, ktoré vynakladajú zdroje verejného zdravotného poistenia, sa nemohla zúčastňovať rozhodovacích procesoch v postavení účastníka konania so všetkými právami z toho vyplývajúcimi.
Účastníci konania tak, ako sú definovaní týmto zákonom, vyplývajú prirodzene z ich postavenia strán ponuky a dopytu v regulovanej oblasti. Postavenie ministerstva ako správneho orgánu potom spočíva nielen v jeho právomoci rozhodovať, ale zároveň pri tom prihliadať aj na ochranu verejných záujmov presahujúcich subjektívne záujmy účastníkov.
V § 73 sa osobitne upravuje inštitút vylúčenia zamestnancov ministerstva a členov poradných orgánov. Pracovný alebo iný obdobný pomer člena poradného orgánu k zdravotnej poisťovni, ako účastníkovi konania, sa nepovažuje za prekážku pre pôsobenie v tomto poradnom orgáne.
Zavádza sa osobitná forma elektronickej komunikácie medzi ministerstvom a účastníkmi konania. Cieľom je zjednodušiť podávanie žiadostí, znížiť administratívnu záťaž účastníkov konania, zvýšiť mieru elektronizácie procesov, uľahčiť prístup odbornej aj laickej verejnosti k informáciám súvisiacim s rozhodovacími procesmi vo veciach kategorizácie a úradného určenia cien, a tým zvýšiť transparentnosť predmetných procesov.
Zákon ustanovuje zásadne elektronickú formu obojstrannej komunikácie medzi ministerstvom a účastníkmi konania. Osobitne sa však upravuje riešenie situácií, keď prekážkami na strane ministerstva by mohlo byť účastníkovi konania znemožnené