Žalobu Súdnemu dvoru Európskej únie podáva členský štát, a to v mene národného parlamentu. Protokol o subsidiarite teda nepriznal aktívnu procesnú legitimáciu priamo národnému parlamentu, ale ponecháva ju aj v tomto prípade členskému štátu. Žaloba je ale podávaná v mene národného parlamentu, čo znamená, že orgán, ktorý je jediný oprávnený rozhodnúť, že členský štát žalobu podá, v ktorom prípade, z akého dôvodu (teda v čom je legislatívnym aktom Európskej únie porušený princíp subsidiarity) je národný parlament. Protokol o subsidiarite predpokladá úpravu výkonu tejto kompetencie v právnom poriadku príslušného členského štátu.
Ak Protokol o subsidiarite predpokladá podanie žaloby v mene národného parlamentu, je potrebné vo vnútroštátnom právnom poriadku identifikovať orgán, ktorý bude žalobu v mene národného parlamentu podávať a upraviť túto kompetenciu a jeho vzťah k národnému parlamentu, a to v zmysle jeho viazanosti rozhodnutím národného parlamentu o podaní žaloby a o jej znení. Javí sa, že ako najvhodnejší orgán na výkon tejto kompetencie je vláda príslušného členského štátu, ktorá tradične zastupuje štát navonok a zabezpečuje tak aj vzťah členského štátu s Európskou úniou, ako aj vnútroštátny výkon záležitostí Európskej únie v príslušnom členskom štáte. Vláda by ale mala byť postavená len do polohy sprostredkovateľa žaloby smerom k Súdnemu dvoru Európskej únie, nemala by mať právo o takýchto žalobách (spolu)rozhodovať, pretože toto právo patrí národnému parlamentu.
Právna úprava vnútroštátnej procedúry by mala z časového hľadiska na jednej strane zabezpečiť dostatočný priestor na prerokovanie návrhy žaloby v národnom parlamente a tiež pre jej doručenie vláde a jej následné predloženie Súdnemu dvoru Európskej únie, ale na druhej strane musí rešpektovať aj lehotu dvoch mesiacov pre podanie žaloby Súdnemu dvoru Európskej únie podľa čl. 263 Zmluvy o fungovaní Európskej únie. Po márnom uplynutí tejto lehoty by už rokovanie o návrhu žaloby a jej prípadné podanie Súdnemu dvoru Európskej únie nemalo zmysel, keďže táto lehota je prepadná.
V prípade, ak bude podaná v mene národného parlamentu žaloba pre porušenie princípu subsidiarity legislatívnym aktov Európskej únie, dá sa predpokladať, že konanie pred Súdnym dvorom Európskej únie neskončí počas toho volebného obdobia národného parlamentu, ktorý o podaní žaloby rozhodol. V tejto súvislosti bude musieť byť vyriešená otázka zastupovania členského štátu v konaní pred Súdnym dvorom Európskej únie. Keďže iniciátorom žaloby a tým orgánom, ktorý sa na jej podaní, ale aj na jej znení uzniesol je národný parlament, mala by byť v tomto prípade žaloba na Súdnom dvore Európskej únie zastupovaná predstaviteľom národného parlamentu a nie predstaviteľom národnej exekutívy. Táto a aj iné orgány členského štátu by mali poskytovať zástupcovi národného parlamentu všetku potrebnú pomoc a súčinnosť, ale zastupovanie samotné by prevziať nemali. Zastupovanie prostredníctvom predstaviteľa národného parlamentu/poslanca si ale vyžiada ústavné/zákonné vyriešenie jeho postavenia a pôsobenia v pozícii zástupcu národného parlamentu v konaní o žalobe na Súdnom dvore Európskej únie po uplynutí volebného obdobia, resp. ak z iného dôvodu dôjde k zániku jeho poslaneckého mandátu pred ukončením súdneho konania. V takomto prípade sa by sa ako vhodná javila úprava prelomenia zásady diskontinuity v činnosti tohto poslanca pri zastupovaní národného parlamentu, ale pri súčasnom plnom zachovaní práva nového národného parlamentu zástupcu vymeniť. Ak by teda zástupcom bol poslanec, jeho poverenie na zastupovanie by nemalo byť viazané na trvanie jeho mandátu a po ukončení výkonu mandátu, ak by k zmene v zastúpení nedošlo, by bol upravený nový vzťah medzi národným parlamentom a jeho zástupcom, ktorý by nebol založený na členstve zástupcu v národnom parlamente, ale na inom právnom základe podľa