a stredoveku, moderných dejín, cirkevných dejín, pomocných vied historických, archívnictva, knihovníctva, archeológie, umenovedy a múzejníctva.
5.3Jej členov navrhujú ministrovi školstva štatutárni zástupcovia Slovenskej akadémie vied, Matice slovenskej, Slovenského národného archívu, Slovenskej národnej knižnice, Slovenského národného múzea, Slovenskej národnej galérie, Ústavu dejín kresťanstva na Slovensku, katedier slovenských a cirkevných dejín univerzít Komenského v Bratislave, Trnavskej univerzity v Trnave, Univerzity Mateja Bela v Banskej Bystrici. Univerzity Konštantína-Filozofa v Nitre, Katolíckej univerzity v Ružomberku a Prešovskej univerzity v Prešove.
5.4Vedeckú radu ústavu menuje na návrh ministra školstva predseda vlády Slovenskej republiky na päťročné obdobie, jej členovia môžu byť znovuzvolení.
5.5Vedecká rada:
a) určuje odborné kritériá a zásadnú koncepciu vedecko-výskumnej činnosti ústavu,
b) stanovuje dlhodobé, strednodobé a krátkodobé plány bádania,
c) zodpovedá za odbornosť bádateľského personálu,
d) vypisuje a udeľuje štipendiá bádateľom z odborov historických, knižných, filologicko-historických, právne-historických, umenovedno-historických a archeologických,
e) riadi vydavateľskú činnosť,
f) orientuje účasť ústavu na projektoch celonárodného významu,
g) koordinuje spoluprácu ústavu na projektoch medzinárodného významu,
h) volí predstavenstvo, riaditeľa, jeho zástupcu a jedného člena kontrolného orgánu ústavu,
i) schvaľuje štatút ústavu a jeho zmeny,
j) berie na vedomie rozpočet a ročnú účtovnú uzávierku ústavu,
k) podieľa sa na tvorbe výročnej správy ústavu.
5.6Výkon funkcie vo vedeckej rade sa považuje za prekážku v práci z dôvodu všeobecného záujmu, pri ktorej patrí zamestnancovi voľno s náhradou mzdy podľa osobitných predpisov.
§ 6
Predstavenstvo
6.1Predstavenstvo má nepárny počet (3 alebo 5) členov;
6.2volí ho vedecká rada nadpolovičnou väčšinou na päťročné obdobie, jeho členovia môžu byť znovuzvolení;
6.3jeho členovia sú zamestnancami ústavu;
6.4do jeho pôsobnosti patrí najmä:
a) zodpovednosť za riadny chod a činnosť ústavu;
b) vypracúvať návrh rozpočtu ústavu a predkladať ho na prerokovanie vláde,
c) schvaľovať mzdový poriadok ústavu,
d) vypracúvať návrh štatútu ústavu, jeho zmien a predkladať ho vedeckej rade,
e) prerokúvať ročnú účtovnú uzávierku ústavu a predkladať ju na prerokovanie vláde,
f) prerokovať najneskoršie do 31. marca výročnú správu o činnosti ústavu za predchádzajúci rok,