K bodu 14Ustanovuje sa, že ak sa vo všeobecne záväzných právnych predpisoch používa pojem „Špeciálny súd“, rozumie sa tým „Špecializovaný trestný súd“.
K bodu 15
Doplnením navrhovaných prechodných ustanovení sa zabezpečí kontinuita v rozhodovaní v právoplatne neskončených veciach, ktoré ku dňu zverejnenia nálezu Ústavného súdu sp. zn. 17/08 patrili do pôsobnosti Špeciálneho súdu. Tieto veci dokončí Špecializovaný trestný súd zriadený podľa článku I tohto zákona.
Odsekom 2 sa zakladá inštančná príslušnosť Najvyššieho súdu SR na rozhodovanie o riadnych a mimoriadnych opravných prostriedkoch vo veciach uvedených v odseku 1.
V odseku 3 sa ustanovuje, že konania o trestných činoch, ktoré do dňa vyhlásenia nálezu Ústavného súdu sp. zn. 17/08 nepatrili do pôsobnosti Špeciálneho súdu sa dokončia podľa doterajších predpisov.
K Čl. III, V, VII, VIII a XII
V týchto článkoch sa novelizujú ustanovenia tých zákonov, ktoré je potrebné zachovať v súvislosti s činnosťou Špecializovaného trestného súdu. Zachováva sa pri tom doterajšia právna úprava.
Ide konkrétne o tieto právne predpisy:
1) Zákon Národnej rady Slovenskej republiky č. 171/1993 Z. z. o Policajnom zbore v znení neskorších predpisov,
2) Zákon č. 65/2001 Z. z. o správe a vymáhaní súdnych pohľadávok v znení neskorších predpisov,
3) Zákon č. 312/2001 Z. z. o štátnej službe a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov,
4) Zákon č. 185/2002 Z. z. o Súdnej rade Slovenskej republiky a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov,
5) Zákon č. 757/2004 Z. z. o súdoch a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
K Čl. IV
K bodu 1
Zrušuje sa podmienka, podľa ktorej bolo možné na doterajší Špeciálny súd dočasne prideliť len sudcu, ktorý je podľa osvedčenia Národného bezpečnostného úradu oprávnený oboznamovať sa s utajovanými skutočnosťami stupňa “prísne tajné“.
Rovnako sa uvedená podmienka zrušuje vo vzťahu k sudcovi, ktorý bol preložený na doterajší Špeciálny súd, ako aj voči sudcovi, ktorý rozhoduje o opravnom prostriedku proti rozhodnutiu doterajšieho Špeciálneho súdu.
Podľa rozhodnutia Ústavného súdu SR zo dňa 20. mája 2009, sp. zn. PL. ÚS 17/08, toto ustanovenie predstavuje neprípustný zásah výkonnej moci do legitimity sudcov Špeciálneho súdu v podobe možnosti Národného bezpečnostného úradu zrušiť platnosť osvedčenia o bezpečnostnej previerke alebo neudeliť nové osvedčenie o bezpečnostnej previerke, keďže doba platnosti udeleného osvedčenia je 5 rokov.