V odseku 3 sa ustanovuje možnosť vykonania vnútorného auditu Ministerstvom financií Slovenskej republiky v súčinnosti s ostatnými ústrednými orgánmi a to len v odôvodnených prípadoch, ak je to potrebné na zabezpečenie informácie pre Európsku komisiu o stave implementácie prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu, ktoré sú implementované v pôsobnosti niekoľkých ďalších subjektov, pričom požiadavka Európskej komisie je predloženie len jedného výstupného materiálu.
V § 28 sa v odseku 2 prispôsobuje úprava novým pojmom, ktorými sa označuje ústredný orgán a ustanovuje sa, aby vedúci ústredného orgánu vymenovanie a odvolanie vnútorného audítora oznámil Ministerstvu financií Slovenskej republiky, ktoré plní v oblasti finančnej kontroly a vnútorného auditu informačnú povinnosť vo vzťahu k orgánom Európskej komisie.
Ustanovenie odseku 3 je zamerané na nezávislé postavenie vnútorného audítora pri výkone audítorskej činnosti, pri ktorej sa riadi len ústavou, zákonmi a ostatnými všeobecne záväznými právnymi predpismi. V odseku 3 sa ďalej v súlade s požiadavkami Európskej komisie ustanovuje, že vnútorný audítor pri svojej činnosti zohľadňuje medzinárodne uznávané štandardy pre profesionálnu prax vnútorného auditu a riadi sa etickým kódexom vnútorného audítora.
V § 29 sa upravuje, že za vnútorného audítora možno vymenovať len štátneho zamestnanca, čím sa prispôsobuje úprava zákonu č. 312/2001 Z. z. vrátane odkazov pod čiarou na príslušné ustanovenia tohto zákona, ako aj zákonov upravujúcich štátnu službu príslušníkov Policajného zboru, Slovenskej informačnej služby, Zboru väzenskej a justičnej stráže Slovenskej republiky a Železničnej polície a zákon upravujúci vojenskú službu.
V odseku 2 sa upravuje priame riadenie vedúceho útvaru vnútorného audítora a samostatného vnútorného audítora vedúcim ústredného orgánu pri výkone činností vnútorného auditu v súlade s týmto zákonom. Ide o dôležité ustanovenie, ktoré nie je v rozpore so zákonom o štátnej službe, nakoľko vedúci ústredného orgánu zodpovedá za celé finančné riadenie ústredného orgánu a vnútorný audit mu k tomu svojou činnosťou napomáha zdokonaľovať riadiace a kontrolné procesy, napomáha plneniu úloh, cieľov a zámerov ústredného orgánu a poskytuje jeho vedúcemu a riadiacemu manažmentu systematický metodický prístup k zlepšovaniu efektívnosti riadenia rizík vyplývajúcich z činnosti ústredného orgánu. Priame riadenie vnútorného audítora vedúcim ústredného orgánu je dôležité aj z hľadiska nezávislosti postavenia vnútorného audítora v ústrednom orgáne. Ustanovenie odseku 2 súčasne ustanovuje zodpovednosť vedúceho ústredného orgánu za to, že výsledky činnosti vnútorného auditu budú efektívne a účinne využité pri skvalitňovaní systému finančného riadenia ústredného orgánu, čím sa zabezpečí, že činnosť vnútorného audítora sa nestane samoúčelnou.
V § 30 sa v súlade s ustanoveniami zákonov o štátnej službe upravuje postup pri odvolávaní vnútorného audítora z funkcie.
V § 31 sa upravuje vykonávanie vnútorného auditu v súlade s plánovacími dokumentmi, ktoré sa vypracúvajú ako strednodobý plán, z ktorého vychádza ročný plán jednotlivých auditov. Na vykonanie jednotlivého vnútorného auditu sa vypracuje program audítorskej akcie.
Odsek 2, 3 a 4 upravujú obsah strednodobého plánu na trojročné obdobie, na ktoré sa plán vypracúva, obsah ročného plánu vnútorných auditov a obsah programu audítorskej akcie.
Odsek 5 upravuje, kto vypracúva strednodobý a ročný plán vnútorných auditov a kto ich