- trestných činov nepriamej korupcie podľa § 162 Trestného zákona,b) trestných činov založenia, zosnovania a podporovania zločineckej skupiny a teroristickej skupiny podľa § 185a Trestného zákona,
c) obzvlášť závažných trestných činov
1. spáchaných v spojení s organizovanou skupinou pôsobiacou vo viacerých štátoch, teda
- trestného činu porušovania predpisov o nakladaní s kontrolovaným tovarom a technológiami [§ 124b ods. 4 písm. a) Trestného zákona],
- trestného činu falšovania a pozmeňovania peňazí a cenných papierov [§ 140 ods. 4 písm. a) Trestného zákona],
- trestného činu porušovania predpisov o štátnych technických opatreniach na označenie tovaru [§ 148c ods. 3 písm. b) Trestného zákona],
- trestného činu nedovoleného ozbrojovania [§ 185 ods. 5 písm. b) Trestného zákona],
- trestného činu nedovolenej výroby a držby omamnej látky, psychotropnej látky, jedu a prekurzora a obchodovania s nimi [§ 187 ods. 6 Trestného zákona],
- trestného činu nedovolenej výroby a držby jadrových materiálov a vysokorizikových chemických látok [§ 187a ods. 3 písm. c) Trestného zákona],
- trestného činu kupliarstva [§ 204 ods. 4 písm. b) Trestného zákona],
- trestného činu obchodovania s deťmi [§ 216b ods. 3 písm. c) Trestného zákona],
- trestného činu vydierania [§ 235 ods. 3 písm. a) Trestného zákona],
- trestného činu obchodovania s ľuďmi [§ 246 ods. 4 písm. c) Trestného zákona],
- trestného činu krádeže [§ 247 ods. 6 Trestného zákona],
- trestného činu legalizácie príjmu z trestnej činnosti [§ 252 ods. 4 písm. b) Trestného zákona],
2. spáchaných zločineckou skupinou, teda
- trestného činu nedovolenej výroby a držby omamnej látky, psychotropnej látky, jedu a prekurzora a obchodovania s nimi [§ 187 ods. 7 Trestného zákona],
- trestného činu obchodovania s deťmi [§ 216b ods. 4 Trestného zákona],
- trestného činu obchodovania s ľuďmi [§ 246 ods. 5 Trestného zákona],
3. spáchaných teroristickou skupinou, teda
- trestného činu terorizmu [§ 94 ods. 2 písm. a) Trestného zákona],
d) trestných činov hospodárskych (druhá hlava osobitnej časti Trestného zákona alebo trestných činov proti majetku (deviata hlava osobitnej časti Trestného zákona), ak takým trestným činom bola spôsobená škoda alebo získaný prospech dosahujúci najmenej desaťtisícnásobok minimálnej mzdy zamestnanca odmeňovaného mesačnou mzdou alebo ak taký čin bol spáchaný v rozsahu dosahujúcom výšku najmenej desaťtisícnásobku minimálnej mzdy zamestnanca odmeňovaného mesačnou mzdou (v súčasnosti minimálna mzda zamestnanca odmeňovaného mesačnou mzdou predstavuje 5 570 Sk),
e) trestných činov poškodzovania finančných záujmov Európskych spoločenstiev podľa § 126 až 126b Trestného zákona,
f) trestných činov súvisiacich s trestnými činmi uvedenými v písmene a), b), c), d) alebo e), ak sú splnené podmienky na spoločné konanie.
Ďalej je vymedzená právomoc Špeciálneho súdu a Úradu špeciálnej prokuratúry vo vzťahu k osobám, ktoré ústavný zákon Národnej rady Slovenskej republiky č. 119/1995 Z.z. o zamedzení rozporu záujmov pri výkone funkcií ústavných činiteľov a vyšších štátnych funkcionárov označuje za ústavných činiteľov a vyšších štátnych funkcionárov okrem prezidenta Slovenskej republiky, ktorého podľa čl. 107 Ústavy Slovenskej republiky možno stíhať iba za úmyselné porušenie ústavy alebo za vlastizradu. Naviac ustanovuje právomoc Úradu špeciálnej prokuratúry aj nad všetkými sudcami všeobecných súdov, teda aj nad predsedom a podpredsedom Najvyššieho súdu Slovenskej republiky, všetkými prokurátormi, teda aj generálnym prokurátorom Slovenskej republiky a nad riaditeľom Národného bezpečnostného úradu. Tieto osoby uvedené v odseku 2 podľa navrhovanej právnej úpravy by mali podliehať právomoci Špeciálneho súdu, a tým aj právomoci Úradu špeciálnej prokuratúry, za spáchanie všetkých trestných činov (úmyselných i nedbanlivostných), teda nie iba za trestné činy spáchané v súvislosti s ich právomocou a zodpovednosťou alebo za trestné činy uvedené v odseku 1. Špeciálnemu súdu budú podliehať aj tie osoby uvedené v odseku 2, ktoré doteraz podliehali právomoci vojenských súdov.